L'économat des armées est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur général.

Le conseil d'administration est composé de douze membres. Il comprend :
1° Un président ;
2° Le chef d'état-major des armées ou son représentant ;
3° Le secrétaire général pour l'administration ou son représentant ;
4° Le chef d'état-major de l'armée de terre ou son représentant ;
5° Le chef d'état-major de la marine ou son représentant ;
6° Le chef d'état-major de l'armée de l'air ou son représentant ;
7° Le directeur général de la gendarmerie nationale ou son représentant ;
8° Le directeur du service de santé des armées ou son représentant ;
9° Un représentant du ministère de l'économie, des finances et de l'industrie ;
10° Une personnalité qualifiée désignée par arrêté du ministre de la défense ;
11° Deux représentants du personnel de l'économat des armées désignés par ce personnel selon des modalités déterminées par arrêté du ministre de la défense.
Assistent aux délibérations du conseil d'administration avec voix consultative le directeur général de l'établissement, le contrôleur d'Etat et l'agent comptable principal.
Le contrôle général des armées est informé des réunions du conseil d'administration. Un de ses membres peut assister aux réunions.
Le président du conseil d'administration peut inviter à participer aux séances avec voix consultative toute personne dont la présence serait jugée utile pour un point particulier de l'ordre du jour.

Le président du conseil d'administration est nommé pour une durée de trois ans par décret sur proposition du ministre de la défense.
La durée du mandat des membres du conseil d'administration mentionnés aux 9°, 10° et 11° de l'article 4 est fixée à trois ans. Le mandat est renouvelable.
En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, un remplaçant est désigné dans les mêmes conditions que le précédent titulaire pour la durée du mandat qui reste à courir.
Les fonctions de membre du conseil d'administration ne comportent aucune indemnité, sous réserve du remboursement des frais justifiés.

Le conseil d'administration se réunit sur convocation de son président au moins deux fois par an, sur un ordre du jour déterminé par celui-ci. Il peut également se réunir à la demande de l'autorité de tutelle ou à celle d'un tiers au moins de ses membres, sur un ordre du jour déterminé.
Le conseil d'administration détermine, dans le cadre des orientations fixées par le ministre de la défense, la politique générale de l'établissement, notamment en ce qui concerne le soutien opérationnel des armées.
Le conseil d'administration délibère obligatoirement sur les objets suivants :
1° Etats prévisionnels de recettes et de dépenses et leurs modifications éventuelles ;
2° Comptes financiers ;
3° Affectations des résultats ;
4° Prises ou extensions de participations financières ;
5° Créations ou cessions de sociétés filiales ;
6° Emprunts ou garanties quel qu'en soit le montant ;
7° Acquisitions et aliénations d'immeubles ;
8° Echanges et constructions d'immeubles ou toute immobilisation dont le montant dépasse un seuil fixé par le ministre de l'économie, des finances et de l'industrie ;
9° Actions en justice et transactions ;
10° Créations et suppressions des comptoirs ;
11° Conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération du personnel.
Le président peut soumettre toute autre question au conseil d'administration pour délibération ou avis.
L'avis du conseil d'administration est demandé pour l'organisation générale de la direction générale de l'économat et des comptoirs.
Le conseil d'administration établit son règlement intérieur et fixe le siège social de l'établissement public. Tout membre du conseil peut se faire communiquer les documents internes et les informations nécessaires au bon exercice de son mandat, en respectant leur caractère confidentiel.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer ou émettre des avis que si le nombre des présents est supérieur à la moitié du nombre de ses membres. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, le président convoque, de nouveau, dans un délai de quinze jours, le conseil d'administration. Les délibérations sont alors valables quel que soit le nombre des présents.
Les délibérations ou avis sont adoptés à la majorité relative des voix.

Le président a voix prépondérante en cas de partage égal des voix.

Le directeur général de l'économat des armées est un commissaire général. Il est nommé par décret, sur proposition du ministère de la défense.
Le directeur général dirige l'établissement dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration et lui rend compte chaque année de sa gestion. A ce titre, il exerce notamment les compétences suivantes :
1° Il arrête l'organisation et les règles de fonctionnement de l'établissement ;
2° Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en exécute les décisions ;
3° Il représente l'établissement en justice et dans les actes de la vie civile ;
4° Il prépare et exécute le budget ;
5° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
6° Il conclut les marchés, contrats, conventions et protocoles et en rend compte au conseil d'administration ;
7° Il exerce le pouvoir hiérarchique sur les personnes affectées à l'établissement, à l'exception des agents comptables ;
8° Il pourvoit aux emplois et gère le personnel de l'établissement.
Par délégation du conseil d'administration, le directeur général peut conclure des transactions.
Le directeur général n'est pas autorisé à subdéléguer les attributions qui lui sont éventuellement déléguées par le conseil d'administration.
Le directeur général peut déléguer sa signature. Toutefois, pour l'exercice de ses attributions mentionnées au 5° du présent article, l'objet précis et le montant maximum de la délégation doivent avoir été préalablement approuvés par le conseil d'administration.
Le directeur général est assisté par un directeur général adjoint, nommé par arrêté du ministre de la défense, et qui le remplace en cas d'absence.

Les projets d'état prévisionnel de recettes et de dépenses, de modifications, de compte financier, ainsi que les projets de délibérations ayant une incidence financière non prévue au budget sont communiqués par le président du conseil d'administration à l'autorité de tutelle et au ministre chargé du budget, quinze jours au moins avant leur présentation au conseil d'administration.
Les délibérations relatives à l'état prévisionnel de recettes et de dépenses, à ses modifications, au compte financier ainsi que celles ayant une incidence financière non prévue au budget sont exécutoires dans les conditions prévues à l'article 1er du décret du 8 juillet 1999 susvisé.
En cas d'opposition de l'autorité de tutelle ou du ministre chargé du budget, le conseil d'administration dispose d'un délai de quinze jours pour délibérer à nouveau. A l'issue de cette nouvelle délibération, si le désaccord persiste, la décision est arrêtée par le ministre de la défense et le ministre chargé du budget.
Les autres délibérations obligatoires prévues à l'article 6 du présent décret sont soumises à l'approbation expresse de l'autorité de tutelle.
Les autres délibérations du conseil d'administration sont transmises par le président du conseil d'administration à l'autorité de tutelle dans un délai de quinze jours.
Si, dans un délai de trente jours suivant la réception par l'autorité de tutelle, celle-ci n'a pas notifié son opposition aux délibérations du conseil d'administration, elles deviennent exécutoires.
En cas d'urgence liée au soutien des forces armées en opération extérieure, le président du conseil d'administration peut demander que les délais prévus aux 3e et 7e alinéas soient ramenés à sept jours.

Chaque comptoir est placé sous l'autorité d'un directeur désigné par le directeur général de l'établissement.