La fondation de coopération scientifique est administrée par un conseil d'administration composé de représentants des fondateurs. Les statuts peuvent prévoir que chaque membre fondateur y est représenté. Il comprend en outre des représentants des enseignants-chercheurs, des enseignants et des chercheurs ainsi que d'autres personnels exerçant tout ou partie de leurs fonctions au sein de la fondation. Les statuts peuvent prévoir la présence de personnalités qualifiées et de représentants de collectivités territoriales ou du monde économique.