Plusieurs établissements ou organismes publics ou privés, parmi lesquels au moins un établissement public de recherche ou d'enseignement supérieur, peuvent constituer une fondation de coopération scientifique dans l'objectif de conduire, selon leur composition, une ou des activités mentionnées aux articles L. 112-1 du présent code et L. 123-3 du code de l'éducation. Une communauté d'universités et établissements mentionnée à l'article L. 711-2 du code de l'éducation peut constituer une fondation de coopération scientifique seule. D'autres partenaires, en particulier des entreprises, des collectivités territoriales et des associations, peuvent être associés à la fondation.

Les fondations de coopération scientifique sont des personnes morales de droit privé à but non lucratif soumises aux règles relatives aux fondations reconnues d'utilité publique dans les conditions fixées notamment par la loi n° 87-571 du 23 juillet 1987 sur le développement du mécénat, sous réserve des dispositions de la présente section.

La fondation de coopération scientifique est administrée par un conseil d'administration composé de représentants des fondateurs. Les statuts peuvent prévoir que chaque membre fondateur y est représenté. Il comprend en outre des représentants des enseignants-chercheurs, des enseignants et des chercheurs ainsi que d'autres personnels exerçant tout ou partie de leurs fonctions au sein de la fondation. Les statuts peuvent prévoir la présence de personnalités qualifiées et de représentants de collectivités territoriales ou du monde économique.

Le recteur de région académique, chancelier des universités, ou son représentant, exerce la fonction de commissaire du Gouvernement auprès de la fondation.