La chancellerie est dirigée par le recteur de région académique qui est chargé d'assurer le fonctionnement de l'établissement et de le représenter en justice ainsi que dans tous les actes de la vie civile. Aucune action ne peut être introduite sans autorisation du conseil d'administration. Le recteur de région académique est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement.

La chancellerie est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

La chancellerie dispose d'un budget.

Elle peut également être dotée de budgets annexes en vue d'assurer :

1° La gestion des prestations de services à titre onéreux ;

2° L'exécution des opérations et la réalisation de prestations qui lui sont confiées par l'Etat, par un ou plusieurs établissements publics, conformément aux articles D. 762-2 et D. 762-3 ;

3° La gestion des dons et legs assortis de conditions, de charges ou d'affectation immobilière.

La création d'un budget annexe est décidée par délibération du conseil d'administration de la chancellerie.

Le budget annexe est soumis aux mêmes règles de préparation, de vote et d'exécution que le budget de la chancellerie.

Les charges de l'établissement public comprennent les frais de personnel, de fonctionnement et éventuellement d'équipement et, d'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.

Les recettes de l'établissement comprennent notamment :
1° Les subventions de l'Etat et participations des autres personnes de droit public ;
2° Les dons et legs et leurs revenus ;
3° Les revenus des biens qui sont sa propriété ;
4° Les financements et les produits des opérations de gestion et des prestations de services mentionnés aux articles D. 762-2 et D. 762-3.

Les formes et les conditions prescrites pour les marchés de l'Etat s'appliquent aux marchés passés par la chancellerie.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées par le recteur de région académique, dans les conditions fixées par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics. Les régisseurs sont nommés par le recteur de région académique, après agrément de l'agent comptable de la chancellerie.