La chancellerie est administrée par un conseil d'administration et dirigée par le recteur de région académique.

Le conseil d'administration comprend :

1° Le recteur de région académique, chancelier des universités, président, ou son représentant ;

2° Les présidents des universités et les directeurs des instituts et écoles extérieurs aux universités dont le siège est situé dans le ressort de l'académie, ou leurs représentants. Pour l'académie de Paris, et lorsque le conseil d'administration délibère sur les matières prévues au deuxième alinéa de l'article D. 762-2, les présidents et directeurs des établissements publics d'enseignement supérieur dont la liste est fixée par l'arrêté prévu par ce même alinéa sont membres du conseil d'administration ;

3° Le directeur régional des finances publiques ou son représentant ;

4° Quatre personnalités choisies par le recteur de région académique ; ce nombre est porté à huit pour ce qui concerne l'académie de Paris ;

5° Le contrôleur budgétaire placé auprès de l'établissement, le secrétaire général de l'académie et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.

Le conseil d'administration délibère sur :

1° Le budget, le ou les budgets annexes de la chancellerie, leurs modifications et le compte financier ;

2° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles et l'acceptation de dons et legs ;

3° Les accords, conventions et transactions conclus par le recteur de région académique, directeur de la chancellerie.

Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président, qui en fixe l'ordre du jour.
Le conseil d'administration délibère valablement si la moitié des membres en exercice est présente. Les délibérations sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés.