Les règles relatives à la mise en mouvement de l'action publique et à l'exercice de l'action civile en réparation du dommage causé par l'une des infractions de la compétence du tribunal aux armées sont celles prévues par le code de procédure pénale, sous réserve des dispositions particulières édictées par les articles 698-1 à 698-9 du même code et de celles édictées par la présente section.

Le pouvoir de dénoncer l'infraction ou de donner un avis sur les poursuites éventuelles appartient au ministre chargé de la défense. Il peut être exercé par les autorités militaires prévues par l'article 4.

Les modes d'extinction de l'action publique prévus par les articles 6 à 9 du code de procédure pénale sont applicables devant les juridictions des forces armées, sous les réserves ci-après relatives à la prescription.

La prescription de l'action publique résultant de l'insoumission ou de la désertion ne commence à courir qu'à partir du jour où l'insoumis ou le déserteur a atteint l'âge de cinquante ans.

L'action publique ne se prescrit pas dans les cas visés aux articles 408, 409 et 410 ou lorsqu'un déserteur ou un insoumis s'est réfugié ou est resté à l'étranger en temps de guerre pour se soustraire à ses obligations militaires.

Les poursuites à l'encontre des justiciables mentionnés à l'article 26 et des magistrats militaires ne peuvent être ouvertes que sur la dénonciation ou après avis du ministre chargé de la défense.

En outre, sans préjudice de l'application des articles 579 et 681 du code de procédure pénale en ce qui concerne les magistrats du corps judiciaire détaché, l'avis du garde des sceaux, ministre de la justice, est recueilli préalablement aux poursuites.

Le commissaire du Gouvernement représente, en personne ou par ses substituts, le ministère public auprès de toutes les formations du tribunal aux armées. Il exerce l'action publique et requiert l'application de la loi. Il assiste aux débats des juridictions de jugement. Toutes les décisions sont prononcées en sa présence. Il assure l'exécution des décisions de justice.

Sous l'autorité du garde des sceaux, ministre de la justice, le commissaire du Gouvernement apprécie la suite à donner aux faits qui sont portés à sa connaissance. Toutefois, lorsque le ministre chargé de la défense ou l'autorité militaire prévue par l'article 4 lui a dénoncé une infraction, il est tenu de mettre en mouvement l'action publique. A défaut de dénonciation, il doit demander préalablement à tout acte de poursuite, sauf en cas de crime ou de délit fragrant, l'avis du ministre chargé de la défense ou de l'autorité militaire prévue par l'article 4.

Hormis le cas d'urgence, cet avis est donné dans le délai d'un mois. L'avis est demandé par tout moyen dont il est fait mention au dossier de la procédure.

La dénonciation ou l'avis figure au dossier de la procédure, à peine de nullité, sauf si cet avis n'a pas été formulé dans le délai précité ou en cas d'urgence.

Les dispositions du présent article sont applicables en cas de reprise des poursuites sur charges nouvelles.

La dénonciation du ministre chargé de la défense ou de l'autorité militaire prévue par l'article 4 doit mentionner les faits sur lesquels porteront les poursuites.

Lorsqu'une infraction de la compétence du tribunal aux armées a été commise et que les auteurs en sont restés inconnus, ou que, sans que l'identification résulte expressément des pièces produites, il y a présomption que la qualité des auteurs les rend justiciables de cette juridiction, la dénonciation peut être déposée contre personnes non dénommées.

Dès qu'une poursuite est engagée contre une personne dénommée, celle-ci est mise à la disposition du commissaire du Gouvernement compétent.

Si les faits sont passibles de peines criminelles, le commissaire du Gouvernement requiert l'ouverture d'une instruction préparatoire.

Si les faits sont passibles de peines correctionnelles ou de police et si, au vu du dossier, le commissaire du Gouvernement estime que l'affaire est en état d'être jugée, il ordonne la traduction directe de l'auteur de l'infraction devant le tribunal.

Si un tribunal prévôtal a été établi, le commissaire du Gouvernement peut aussi saisir, s'il l'estime utile, ce tribunal des contraventions de sa compétence.

Sauf en matière contraventionnelle, le juge d'instruction est obligatoirement saisi quand l'auteur présumé des faits est un mineur de dix-huit ans.

Lorsque la poursuite est engagée sur charges nouvelles à la suite d'une ordonnance ou d'une décision de non-lieu, le commissaire du Gouvernement saisit la juridiction d'instruction qui a rendu l'ordonnance ou la décision de non-lieu.