Dans chaque département est instituée une commission départementale d'identification, dont la composition est précisée en annexe II du présent arrêté.
Cette commission est consultée sur les modalités d'organisation et d'exécution de l'identification des bovins dans le département.
Elle est réunie à la demande du préfet, du directeur départemental de l'agriculture et de la forêt, du directeur des services vétérinaires départementaux, du président ou du directeur de l'établissement départemental ou interdépartemental de l'élevage.

L'établissement départemental ou interdépartemental de l'élevage exécute lui-même ou peut confier, par convention, tout ou partie des missions relatives à l'identification des bovins, prévues par le code rural, à un ou plusieurs organismes qu'il conventionne à cet effet en tant que maître d'oeuvre de l'identification.
L'établissement départemental ou interdépartemental de l'élevage conserve cependant l'entière responsabilité de l'exécution des missions relatives à l'identification.
L'établissement départemental ou interdépartemental de l'élevage transmet au préfet du département la liste des maîtres d'oeuvre intervenant pour la réalisation des missions relatives à l'identification.
Les opérations de commande et d'attribution des marques auriculaires ne peuvent être déléguées qu'à un seul organisme et pour la totalité des bovins du département.
Pour réaliser ses missions d'identification, le directeur de l'établissement départemental ou interdépartemental de l'élevage, ou le directeur du maître d'oeuvre de l'identification, est tenu d'habiliter des agents identificateurs ayant souscrit l'engagement prévu à l'annexe III du présent arrêté.
En cas de nécessité, les agents spécifiquement mandatés par le directeur départemental des services vétérinaires sont habilités, sans pour autant souscrire d'engagement, à apposer les marques auriculaires agréées numérotées et à effectuer toutes opérations d'identification, selon les règles techniques communes aux agents identificateurs et conformes aux spécifications du cahier des charges national validé par le ministre chargé de l'agriculture. Ils rendent compte des actes réalisés dans ce cadre au directeur du maître d'oeuvre de l'identification.

Sans préjudice de l'application des dispositions du code rural et du code pénal, les agents identificateurs habilités qui ne respectent pas l'un ou les termes de l'engagement prévu à l'annexe III du présent arrêté s'exposent à :
- la suspension temporaire de l'habilitation, prononcée par le directeur de l'établissement départemental ou interdépartemental de l'élevage ;
- le retrait définitif de cette habilitation, prononcée par le directeur de l'établissement départemental ou interdépartemental de l'élevage, après avis de la commission départementale d'identification.

L'établissement départemental ou interdépartemental de l'élevage doit se soumettre à tous les contrôles organisés par les services du ministère et leur présenter à chaque demande, et au moins une fois par an, un bilan de la mise en oeuvre de ses missions d'identification des bovins, prévues par le code rural, selon des modalités fixées par instruction du ministère chargé de l'agriculture.

En cas de cessation d'activité, le détenteur est tenu d'en informer le maître d'oeuvre de l'identification qui est alors tenu d'effectuer un bilan final complet des opérations d'identification de son exploitation, notamment une dernière vérification du registre des bovins et des notifications prises en compte. Le détenteur doit lui remettre l'ensemble des documents de notification non encore utilisés ainsi que l'ensemble des marques auriculaires agréées qu'il a encore en stock. Le maître d'oeuvre est tenu de vérifier si le stock de marques auriculaires agréées remis par le détenteur-naisseur correspond bien à la liste des marques auriculaires agréées qu'il lui a attribuées et qui n'ont pas été affectées à un animal de son exploitation.
Toute différence constatée doit faire l'objet d'un examen approfondi avec transmission d'un rapport au directeur des services vétérinaires et au directeur départemental de l'agriculture et de la forêt.
En cas de carence du détenteur pour la notification de sortie des bovins ou toute autre opération nécessaire à l'enregistrement de la cessation d'activité de l'exploitation, le directeur départemental des services vétérinaires ou le directeur départemental de l'agriculture et de la forêt peut se substituer à lui.

En cas de cessation d'activité d'un agent identificateur habilité, celui-ci est tenu d'en informer le maître d'oeuvre de l'identification et de lui remettre l'ensemble du matériel d'identification ainsi que l'ensemble des marques auriculaires agréées qui lui ont été attribuées et qu'il a encore en stock.
Lorsque le directeur de l'établissement départemental ou interdépartemental de l'élevage a notifié à l'agent identificateur la suspension temporaire ou le retrait définitif de son habilitation, celui-ci est tenu de remettre, au directeur de l'établissement départemental ou interdépartemental de l'élevage, l'ensemble du matériel d'identification ainsi que l'ensemble des marques auriculaires agréées qui lui ont été attribuées et qu'il a encore en stock.
Dans chacun des cas précités, le maître d'oeuvre de l'identification est tenu de vérifier si le stock de marques auriculaires agréées remis par l'agent identificateur correspond bien à la liste des marques auriculaires agréées qui lui avaient été attribuées et qui n'ont pas été affectées à un animal du département.
Toute différence constatée doit faire l'objet d'un examen approfondi avec transmission d'un rapport au directeur départemental des services vétérinaires et au directeur départemental de l'agriculture et de la forêt.

En cas de non-paiement par le détenteur des sommes pour lesquelles il est redevable pour les opérations d'identification le concernant et en application de l'article 3 du règlement (CE) n° 494/98 du 27 février 1998 susvisé, le maître d'oeuvre de l'identification peut refuser la délivrance de passeports pour des animaux de ce détenteur, après l'avoir signifié à ce dernier.