L'établissement de l'élevage exécute lui-même ou peut confier, par convention, tout ou partie des missions relatives à l'identification des bovins, prévues par le code rural et de la pêche maritime, à un ou plusieurs organismes qu'il conventionne à cet effet en tant que maître d'œuvre de l'identification.
L'établissement de l'élevage conserve cependant l'entière responsabilité de l'exécution des missions relatives à l'identification.
L'établissement de l'élevage transmet au préfet du département du siège de l'établissement de l'élevage la liste des maîtres d'œuvre intervenant pour la réalisation des missions relatives à l'identification.
Les opérations de commande et d'attribution des marques auriculaires ne peuvent être déléguées qu'à un seul organisme et pour la totalité des bovins de chaque département.
Pour réaliser ses missions d'identification, le directeur du maître d'œuvre de l'identification est tenu d'habiliter des agents identificateurs ayant souscrit l'engagement prévu en annexe du présent arrêté.
En cas de nécessité, les agents spécifiquement mandatés par le directeur départemental en charge de la protection des populations sont habilités, sans pour autant souscrire d'engagement, à apposer les marques auriculaires agréées numérotées et à effectuer toutes opérations d'identification, selon les règles définies par le présent arrêté. Ils rendent compte des actes réalisés dans ce cadre au directeur du maître d'œuvre de l'identification.

Sans préjudice de l'application des dispositions du code rural et de la pêche maritime et du code pénal, les agents identificateurs habilités qui ne respectent pas l'un ou les termes de l'engagement prévu en annexe du présent arrêté s'exposent à la suspension temporaire ou au retrait définitif de l'habilitation, prononcée par le directeur du maître d'œuvre de l'identification.

L'établissement de l'élevage se soumet aux contrôles visés à l'article 3 de l'arrêté du 10 avril 2007 relatif aux établissements de l'élevage.

En cas de cessation d'activité, le détenteur est tenu d'en informer le maître d'œuvre de l'identification qui est alors tenu d'effectuer un bilan final complet des opérations d'identification de son exploitation, notamment une dernière vérification du registre des bovins et des notifications prises en compte. Le détenteur doit lui remettre l'ensemble des marques auriculaires agréées qu'il a encore en stock. Le maître d'œuvre est tenu de vérifier si le stock de marques auriculaires agréées remis par le détenteur correspond bien à la liste des marques auriculaires agréées qu'il lui a attribuées et qui n'ont pas été affectées à un animal de son exploitation.
Toute différence constatée doit faire l'objet d'un examen approfondi avec transmission d'un rapport au directeur départemental en charge de la protection des populations et au directeur départemental en charge des territoires.
En cas de carence du détenteur pour la notification de sortie des bovins ou toute autre opération nécessaire à l'enregistrement de la cessation d'activité de l'exploitation, le directeur départemental en charge de la protection des populations ou le directeur départemental en charge des territoires peut se substituer à lui.

En cas de cessation d'activité d'un agent identificateur habilité, celui-ci est tenu d'en informer le maître d'œuvre de l'identification et de lui remettre l'ensemble du matériel d'identification ainsi que l'ensemble des marques auriculaires agréées et bolus agréés qui lui ont été attribués et qu'il a encore en stock.
Lorsque le directeur du maître d'œuvre de l'identification a notifié à l'agent habilité la suspension temporaire ou le retrait définitif de son habilitation, celui-ci est tenu de remettre au directeur du maître d'œuvre de l'identification l'ensemble du matériel d'identification ainsi que l'ensemble des marques auriculaires agréées et bolus agréés qui lui ont été attribués et qu'il a encore en stock.
Dans chacun des cas précités, le maître d'œuvre de l'identification est tenu de vérifier si le stock de marques auriculaires agréées et bolus agréés remis par l'agent identificateur habilité correspond bien à la liste des marques auriculaires agréées et bolus agréés qui lui avaient été attribués et qui n'ont pas été affectées à un animal.
Toute différence constatée doit faire l'objet d'un examen approfondi avec transmission d'un rapport au directeur départemental en charge de la protection des populations et au directeur départemental en charge des territoires.

En cas de non-paiement par le détenteur des sommes pour lesquelles il est redevable pour les opérations d'identification le concernant et en application de l'article 3 du règlement (CE) n° 494/98 du 27 février 1998 susvisé, le maître d'œuvre de l'identification peut refuser de remettre des passeports pour des animaux de ce détenteur, après l'avoir signifié à ce dernier.