Seul l'agent se trouvant hors de sa résidence administrative et de sa résidence familiale pendant les tranches horaires précisées aux articles 12 et 14 du présent arrêté peut prétendre à une indemnité de mission telle que définie à l'article 3 du décret du 3 juillet 2006 susvisé.

L'agent en mission entre minuit et 5 heures du matin bénéficie d'une indemnité d'hébergement qui couvre les frais correspondant à la chambre et au petit déjeuner si la prestation inclut ce dernier. Lorsque la mission couvre la tranche horaire précitée mais que la prestation d'hébergement ne comprend pas le petit déjeuner, l'indemnité d'hébergement est complétée par le versement d'une indemnité de petit déjeuner d'un montant forfaitaire de 5 €.
Le taux de l'indemnité forfaitaire d'hébergement est différencié selon les modalités suivantes :

- un taux « Province », fixé à 70 € toutes taxes comprises. Il est appliqué dans les communes de France métropolitaine, hors les cas d'application du taux « Grandes Villes et communes de la Métropole du Grand Paris » et du taux « Commune de Paris » ;
- un taux « Grandes Villes et communes de la Métropole du Grand Paris », hors Paris intra-muros, fixé à 90 € toutes taxes comprises. Il est appliqué pour les missions effectuées dans les communes de la Métropole du Grand Paris, telles qu'énumérées à l'article 1 du décret n° 2015-1212 du 30 septembre 2015 constatant le périmètre fixant le siège et désignant le comptable public de la métropole du Grand Paris, dans les communes des départements de l'Ile-de-France non incluses dans la Métropole du Grand Paris et, dans les communes métropolitaines de Bordeaux, Lille, Lyon, Marseille, Montpellier, Nantes, Nice, Rennes, Strasbourg et Toulouse, la région de la Corse et la Principauté de Monaco ;
- un taux « Commune de Paris », fixé à 110 € toutes taxes comprises ;
- un taux spécifique, fixé à 120 €. Il est appliqué pour l'hébergement des agents reconnus en qualité de travailleurs handicapés et en situation de mobilité réduite, quelle que soit la zone dans laquelle l'hébergement a lieu.

En cas d'évènement exceptionnel, notamment la tenue d'un événement sportif ou d'un sommet international, provoquant une pénurie de l'offre hôtelière de nature à empêcher le prestataire chargé de l'organisation des déplacements visé à l'article 2 du présent arrêté de respecter les plafonds précités, ceux-ci peuvent être déplafonnés avec l'accord de l'autorité qui ordonne le déplacement.
Lorsque l'agent est hébergé dans une structure administrative ou équivalente moyennant participation, il est remboursé aux frais réels dans la limite de l'indemnité au taux « Province ».
Aucune indemnité n'est versée à l'agent s'il dispose d'un hébergement gratuit.

L'agent en mission peut recevoir une indemnité d'hébergement supérieure aux taux fixés à l'article 12 du présent arrêté après accord de l'autorité qui ordonne le déplacement, dans les cas où le surcoût est justifié par au moins une des conditions suivantes :

- l'urgence liée à la mission ;
- la sécurité de l'agent en mission ;
- la nécessité d'hébergement d'un groupe sur un site unique ;
- l'organisation du déplacement par un organisme, public ou privé, autre que le ministère de l'intérieur.

Dans ce cas et par dérogation à l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant le taux des indemnités de mission, l'indemnité d'hébergement versée correspond au remboursement des frais réels engagés par l'agent, sur présentation de la facture d'hébergement, dans la limite d'un taux plafond, toutes taxes comprises, fixé à :

- 90 € pour les missions effectuées en province ;
- 110 € pour les missions effectuées dans les Grandes Villes et dans la Métropole du Grand Paris ;
- 130 € pour les missions effectuées dans la commune de Paris ;
- 140 € pour l'hébergement des agents reconnus en qualité de travailleurs handicapés et en situation de mobilité réduite, quelle que soit la zone dans laquelle l'hébergement a lieu.

L'agent bénéficie de l'indemnité forfaitaire pour frais supplémentaires de repas définie à l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant le taux des indemnités de mission, s'il se trouve en mission pendant la totalité de la période comprise entre 12 heures et 14 heures pour le repas du midi et entre 19 heures et 21 heures pour le repas du soir.
Si l'agent a la possibilité de prendre son repas dans un restaurant administratif ou assimilé, c'est-à-dire tout restaurant qui reçoit des subventions de l'Etat, d'une autre collectivité publique ou de l'un de leurs établissements publics, le montant de l'indemnité est réduit de 50 % arrondi au centième d'euro inférieur.
Si le repas est fourni gratuitement ou si l'agent bénéficie d'une prise en charge, il ne bénéficie d'aucune indemnité.

Le temps passé à bord des trains, avions et bateaux peut donner lieu au versement d'indemnités de repas, dans les tranches horaires définies à l'article 14 du présent arrêté, si le prix du billet ne comprend pas cette prestation.
Le temps passé à bord des trains, avions et bateaux dans la tranche horaire définie au premier alinéa de l'article 12 du présent arrêté ne peut donner lieu qu'au versement d'une indemnité de petit déjeuner d'un montant forfaitaire de 5 €, si le prix du billet ne comprend pas cette prestation.