Des comptables secondaires sont nommés par arrêté du ministre chargé des douanes pris, avec l'accord du ministre chargé du budget, après avis du comptable principal.

• les subventions, avances ou contributions qui lui sont attribuées par l'Etat et, le cas échéant, par les collectivités territoriales, les organismes publics ou privés, ainsi que les recettes de mécénat ;
• les revenus tirés de la gestion du patrimoine de l'établissement, comportant principalement les redevances d'occupation, les charges et réparations locatives versées par les occupants des logements ;

• les revenus de ses biens meubles et toutes autres recettes provenant de ses activités ;
• la rémunération des services rendus ;
• le remboursement des participations, avances ou réservations ;
• le produit des aliénations ;
• le montant des emprunts contractés ou des avances qui lui sont consenties ;
• les dons et legs ;

• les dépenses d'investissement en particulier celles concernant l'acquisition, la réservation ou l'échange de biens immobiliers et celles relatives à la construction ou à la réalisation de réparations ou de travaux d'amélioration ;
• les loyers et charges diverses pour les logements à usage d'habitation pris à bail auprès de tiers ;

• les frais de fonctionnement, d'entretien et d'équipement, et d'une manière générale toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement ;
• les rémunérations de ses agents contractuels ;
• les frais de déplacement de ses agents ;
• les impôts locaux, les taxes locales et autres impositions ;
• les remboursements d'emprunts.

Indépendamment des contrôles prévus par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique et du décret du 11 février 1985 susvisés, l'établissement comporte une commission d'audit et de vérification des comptes chargée :

1° De veiller à la régularité des opérations de gestion et comptables ;

2° D'assurer l'audit interne des procédures des services ordonnateurs et comptables incluant le système de contrôle de gestion.

Sa composition et son organisation sont déterminées par une délibération du conseil d'administration.