Les fonds de l'établissement sont déposés chez un comptable du Trésor. Sauf décision contraire du ministre des finances, ils ne sont pas productifs d'intérêt.
Toutefois, avec l'autorisation du ministre des finances, et dans les conditions prévues par le texte organisant l'établissement, des fonds peuvent être déposés à la Banque de France ou dans une banque.

Lorsque les fonds d'un établissement public proviennent d'excédents d'exercices antérieurs, de libéralités, du produit de l'aliénation d'un élément du patrimoine ou d'emprunts et d'annuités d'amortissement momentanément inutilisés, ils peuvent être placés en valeur d'Etat ou en valeurs garanties par l'Etat.
Ces placements font l'objet de prévisions ou d'autorisations budgétaires.
Toutefois, les placements en valeurs du Trésor à court terme peuvent être autorisés par décision de l'ordonnateur visée par le membre du corps du contrôle général économique et financier s'il en existe un auprès de l'établissement ou le comptable supérieur du Trésor chargé, aux termes de l'article 189 ci-après, du contrôle de la gestion de l'agent comptable.
Les valeurs de l'Etat ou garanties par l'Etat sont déposées à la caisse des dépôts et consignations.