Le fonctionnement financier et comptable de l'agence s'exerce conformément aux prescriptions du décret du 29 décembre 1962 susvisé relatives aux établissements publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget. Il est mis fin à ses fonctions dans les mêmes conditions. L'agent comptable est placé sous l'autorité du directeur général.