Les opérations de dépenses sont successivement l'engagement, la liquidation, le cas échéant l'ordonnancement, ainsi que le paiement.

L'engagement est l'acte juridique par lequel une personne morale mentionnée à l'article 1er crée ou constate à son encontre une obligation de laquelle il résultera une dépense. L'engagement respecte l'objet et les limites de l'autorisation budgétaire.

La liquidation consiste à vérifier la réalité de la dette et à arrêter le montant de la dépense. Elle comporte :
1° La certification du service fait, par laquelle l'ordonnateur atteste la conformité à l'engagement de la livraison ou de la prestation. Dans les conditions et les modalités fixées par arrêté du ministre chargé du budget, cette conformité peut être présumée au regard de la nature de la dépense ou de l'évaluation des risques résultant notamment des dispositifs de contrôle interne ;
2° La détermination du montant de la dépense au vu des titres ou décisions établissant les droits acquis par les créanciers.

L'ordonnancement est l'ordre, quelle qu'en soit la forme, donné par l'ordonnateur au comptable de payer une dépense.

Par dérogation à l'article 11, certaines dépenses peuvent, eu égard à leur nature ou à leur montant, selon les besoins propres à chaque catégorie de personnes morales, être payées sans ordonnancement, après ordonnancement tacite ou avec ordonnancement sans que celui-ci soit préalable au paiement. Le ministre chargé du budget arrête la liste de ces dépenses.

Le silence gardé par l'ordonnateur sur une demande de mise en paiement du comptable public, pendant un délai et suivant des conditions fixés par décision conjointe de l'ordonnateur et du comptable public, vaut ordonnancement tacite au sens de l'alinéa ci-dessus.

Lorsque les dépenses sont payées sans ordonnancement préalable, l'ordre de payer peut revêtir un caractère périodique dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé du budget.

Le paiement est l'acte par lequel une personne morale mentionnée à l'article 1er se libère de sa dette.
Sous réserve des exceptions prévues par les lois et règlements, le paiement ne peut intervenir avant l'échéance de la dette, l'exécution du service, la décision individuelle d'attribution d'allocations ou la décision individuelle de subvention. Toutefois, des avances et acomptes peuvent être consentis aux personnels, aux entrepreneurs et fournisseurs ainsi qu'aux bénéficiaires de subventions.

Le paiement est fait par tout moyen ou instrument de paiement prévu par le code monétaire et financier, dans les conditions précisées par arrêté du ministre chargé du budget.

Les comptables publics ne peuvent procéder à des paiements par voie de consignation des sommes dues sauf :
1° En application des dispositions de l'article 39 ;
2° En matière d'expropriation pour cause d'utilité publique, s'il existe des obstacles au paiement et si l'expropriant entend prendre possession des immeubles expropriés.

Le paiement est libératoire lorsqu'il est fait au profit du créancier ou de son représentant qualifié. Les cas dans lesquels il peut être fait entre les mains d'une autre personne sont fixés par décret pris sur rapport du ministre chargé du budget.

Toute opposition ou toute autre signification ayant pour objet d'empêcher un paiement doit être faite entre les mains du comptable public assignataire de la dépense.

En application du deuxième alinéa de l'article L. 131-7 du code des juridictions financières, et sans préjudice des dispositions prévues par le code général des collectivités territoriales et par le code de la santé publique, lorsqu'à l'occasion de l'exercice des contrôles prévus au 2° de l'article 19 le comptable public a constaté des irrégularités ou des inexactitudes dans les certifications de l'ordonnateur, il suspend le paiement et en informe l'ordonnateur. Ce dernier a alors la faculté d'opérer une régularisation ou de requérir par écrit le comptable public de payer.

L'ordonnateur auquel sont signalés des faits ne motivant pas la suspension de paiement mais susceptibles de constituer une infraction au sens de l'article L. 131-9 du code des juridictions financières informe le comptable public à l'origine de ce signalement des suites qu'il donne à ce dernier dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé du budget.

Lorsqu'un créancier refuse de recevoir le paiement, la procédure d'offres réelles prévue par les articles 1257 à 1264 du code civil est mise en œuvre dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé du budget.

Lorsque le comptable public constate qu'un paiement n'était pas dû en totalité ou en partie, il peut exercer directement une action en restitution de l'indu à l'encontre du débiteur dans les conditions prévues par les articles 1302 à 1302-3 du code civil. Il peut également en informer l'ordonnateur en vue de l'engagement par ce dernier d'une procédure visant au recouvrement de la créance.

Lorsqu'il est mis en place, un service facturier placé sous l'autorité d'un comptable public est chargé de recevoir et d'enregistrer les factures et titres établissant les droits acquis aux créanciers.

Dans ce cas, le montant de la dépense est arrêté par le comptable au vu des factures et titres mentionnés à l'alinéa précédent et de la certification du service fait. Cette certification constitue l'ordre de payer défini aux articles 11 et 29 à 32.

Un service placé sous l'autorité du comptable public peut être chargé de liquider les dépenses de personnel d'une administration publique mentionnée au 2° ou 3° de l'article 1er dont il est assignataire.

Les services mentionnés au premier et au troisième alinéas sont mis en place par convention signée par le comptable public et l'ordonnateur, dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé du budget.

Le comptable public peut opérer les contrôles mentionnés au 2° de l'article 19 et à l'article 20 de manière sélective, en fonction des caractéristiques des opérations assignées sur sa caisse et d'une évaluation des risques afférents à celles-ci. L'intensité, la périodicité et le périmètre de ces contrôles, qui peuvent intervenir a priori ou a posteriori, sont adaptés conformément au plan de contrôle qu'il établit suivant des règles fixées par arrêté du ministre chargé du budget.

L'ordonnateur peut être associé à l'évaluation des risques. Le ministre chargé du budget précise par arrêté les conditions de ce contrôle allégé en partenariat.