L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'éducation et du ministre chargé du budget.

Le centre est soumis au contrôle financier prévu par le décret du 25 octobre 1935 susvisé. Les attributions du contrôleur financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont précisées en tant que de besoin par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation et du budget.

Les ressources du Centre national de documentation pédagogique comprennent notamment :
1° Les subventions et fonds de concours ;
2° Les droits, redevances et produits de toute nature résultant de ses activités ;
3° Les revenus des biens meubles et immeubles de l'établissement ;
4° Les contributions privées, les dons et legs ;
5° Les emprunts ;
6° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'établissement comprennent les frais de personnel, de fonctionnement et d'équipement et, d'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires aux activités de l'établissement.

L'établissement met en place une comptabilité analytique qui distingue les activités commerciales des autres activités.

Les décisions de modification du budget qui ne comportent ni augmentation du montant total des dépenses, ni accroissement des effectifs, ni diminution du montant total des recettes, ni virement de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital ou entre les chapitres des dépenses de personnel et les chapitres des dépenses de matériel, sont prises par le directeur général, sous réserve de l'accord du contrôleur financier. Elles sont soumises à ratification par le conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.

Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être instituées par le directeur général dans les conditions prévues par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.
Des secteurs d'activité de l'établissement peuvent être gérés sous la forme de services à comptabilité distincte ou de services particuliers disposant d'un budget annexe, sur proposition du conseil d'administration et après avis du ministre chargé du budget.