La comptabilité des organismes de sécurité sociale a pour fonction :
1° De faire apparaître la situation patrimoniale de l'organisme, active et passive ;
2° De déterminer les résultats globaux de l'exercice ;
3° De dégager les résultats en fin d'exercice et de les comparer aux prévisions ;
4° De dégager éventuellement les résultats analytiques d'exploitation.
Elle retrace les opérations des gestions budgétaires, les opérations des gestions techniques, les opérations de trésorerie, les opérations faites avec les tiers ou pour le compte de tiers, les mouvements du patrimoine des organismes.

La comptabilité générale est tenue selon le principe de la partie double. L'exercice comptable s'étend, sauf dérogation, du 1er janvier au 31 décembre.

Le plan comptable des organismes de sécurité sociale constitue un plan particulier du plan comptable général ; il est établi par arrêté conjoint du ministre chargé de la sécurité sociale et du ministre chargé du budget.
Une instruction conjointe du ministre chargé de la sécurité sociale et du ministre chargé du budget détermine :
1° La codification des différentes gestions prévues par les articles R. 251-1, R. 251-2, R. 251-14, R. 251-24 et R. 251-32, la gestion du recouvrement des cotisations et des majorations de retard, la gestion des établissements et des oeuvres ;
2° Le cadre comptable fixant les règles générales de classement et la nomenclature des comptes à ouvrir ;
3° Les modalités de fonctionnement des comptes avec leur terminologie explicative;
4° Les normes régissant la présentation et l'établissement des comptes et des documents de synthèse ;
5° La tenue de la comptabilité matière prévue à l'article D. 253-53 ;
6° Les liaisons financières et comptables qui s'établissent entre l'organisme compétent et les organismes de l'article D. 253-1.

L'agent comptable tient :

1° La comptabilité générale ;

2° Eventuellement, la comptabilité des dépenses engagées ;

3° La comptabilité auxiliaire des comptes cotisants ;

4° La comptabilité analytique d'exploitation s'il en existe une ;

5° La comptabilité de programme en tant que de besoin.

Il peut être chargé de la tenue de la comptabilité matière. Dans le cas où il n'est pas chargé de la comptabilité matière, il doit s'assurer au moins une fois par an de la concordance entre les écritures de comptabilité matière et l'inventaire annuel des stocks.

L'agent comptable tient sa comptabilité à la disposition du directeur et lui fournit, sur demande, tout renseignement.
Il doit être en mesure de justifier à tout instant que sa comptabilité est équilibrée.

Les organismes de sécurité sociale adressent au directeur régional des affaires sanitaires et sociales et au trésorier-payeur général, à la clôture de chaque exercice, les balances de fin d'exercice, avant et après inventaire.
Le directeur régional des affaires sanitaires et sociales et le trésorier-payeur général sont également destinataires sur leur demande des balances mensuelles établies par les organismes de sécurité sociale.
Les balances mensuelles sont transmises par les organismes aux organismes nationaux à la demande de ces derniers.