Les marchés de défense ou de sécurité peuvent être passés en lots séparés. L'acheteur détermine le nombre, la taille et l'objet des lots.
Il peut limiter le nombre de lots pour lesquels un même opérateur économique peut présenter une offre ou le nombre de lots qui peuvent être attribués à un même opérateur économique.

Lorsque les marchés de défense ou de sécurité passés en lots séparés portent sur des travaux, des fournitures ou des services innovants, au sens du second alinéa de l'article L. 2172-3, et répondent à un besoin dont la valeur estimée est inférieure au seuil européen applicable aux marchés de fournitures et de services passés par les autorités publiques centrales agissant en tant que pouvoirs adjudicateurs et qui figure dans un avis annexé au présent code, des lots représentant 15 % du montant total de ces marchés peuvent être réservés à des jeunes entreprises innovantes définies à l'article 44 sexies-0 A du code général des impôts.