Préalablement à la mise en circulation des trains, les entreprises ferroviaires doivent informer le gestionnaire d'infrastructure délégué lorsque leurs convois présentent des caractéristiques de composition susceptibles d'entraîner des mesures particulières d'exploitation :
- caractéristiques qu'il est prévu de rappeler systématiquement (par exemple, présence de matières radioactives, de certains transports exceptionnels) ;
- caractéristiques constituant un écart par rapport aux prévisions et nécessitant un examen et une autorisation spécifiques (par exemple, non-respect des règles de composition ou de freinage prévues pour la catégorie du train concerné, surcharge exceptionnelle entraînant une diminution de performance, véhicule relevant du transport exceptionnel).
Au cours de l'exécution de leurs services de transport, les entreprises ferroviaires transmettent immédiatement au gestionnaire d'infrastructure délégué les renseignements concernant les éventuelles modifications des caractéristiques de leurs trains.
Les entreprises ferroviaires mettent en oeuvre le processus permettant d'avoir l'assurance du respect des exigences de sécurité lors de la programmation des ressources nécessaires à la réalisation de leur plan de transport.

Les entreprises ferroviaires décrivent :
- les conditions qui permettent l'utilisation des engins en situation de secours, notamment l'attelage et la mise en véhicule ;
- leur organisation en ce qui concerne les dispositions à prendre lors de l'isolement ou du dérangement des systèmes de sécurité et des enregistreurs en application de la réglementation correspondante.

Les conditions de circulation de certains trains, notamment les matériels roulants en essai et le rapatriement de matériel avarié, font l'objet d'un accord particulier entre le demandeur, le gestionnaire d'infrastructure et le gestionnaire d'infrastructure délégué, selon les modalités stipulées dans le contrat prévu par l'article 24 du décret du 7 mars 2003 susvisé.

En cas de réduction importante des capacités de l'infrastructure (par exemple, obstruction des voies principales), le gestionnaire d'infrastructure délégué prend les dispositions nécessaires pour rétablir la circulation normale des trains aussi rapidement que possible.
Il transmet dès que possible à chaque entreprise ferroviaire les informations nécessaires concernant la nature des perturbations, ainsi que les nouvelles conditions d'acheminement envisageables et informe le ministre chargé des transports et le gestionnaire d'infra-structure.

Les entreprises ferroviaires informent sans délai le gestionnaire d'infrastructure délégué de toute modification de la programmation des trains notamment lorsque ceux-ci sont appelés à circuler en voie unique.

Les entreprises ferroviaires assurant des transports de marchandises dangereuses respectent les dispositions de la réglementation correspondante.
Elles s'assurent, au vu des mentions portées par les expéditeurs sur les lettres de voiture et les contrats de transport, de la conformité des envois de marchandises dangereuses avec cette réglementation.
Elles tiennent en permanence à la disposition du gestionnaire d'infrastructure délégué les renseignements concernant ces transports : immatriculation des wagons, rang des wagons dans les trains, numéros d'identification de la marchandise dangereuse en cas de danger, classement RID, numéro de l'avis préalable pour les matières radioactives.
Elles doivent communiquer au gestionnaire d'infrastructure délégué les coordonnées de leur conseiller à la sécurité du transport de marchandises dangereuses.