Les bâtiments et annexes de l'installation sont conçus de manière à éviter le rejet non autorisé accidentel de matières dangereuses ou polluantes dans le sol, dans les eaux de surface et souterraines.
Les effluents recueillis sur le site appartiennent à l'une des 2 catégories suivantes :
― les eaux pluviales ;
― les eaux souillées : les eaux ayant été en contact avec des matières premières ou avec des surfaces souillées par des matières premières et les autres eaux (par exemple, eaux de lavage, y compris eaux de lavage des gaz, eaux de purge, eaux vannes...).
En outre, un bassin collecteur est aménagé pour recueillir les eaux de pluie contaminées accidentellement provenant de ces installations ou les eaux contaminées provenant des fuites ou d'opération de lutte contre l'incendie. Les installations de faible capacité ne sont pas concernées par l'obligation d'implantation de ce bassin collecteur.

Les points de rejet dans le milieu naturel des eaux souillées traitées et des eaux pluviales non polluées sont différents et en nombre aussi réduit que possible.
Les différents effluents sont traités de la façon suivante :
― les eaux pluviales sont rejetées dans le milieu naturel ou dans le réseau pluvial desservant l'installation, s'il existe ;
― les eaux souillées sont épurées de façon à respecter les valeurs de rejet définies à l'annexe II.
Les installations sont équipées de dispositifs de prétraitement des effluents destinés à retenir et recueillir les matières solides d'origine animale. Ces dispositifs de prétraitement sont situés en amont du processus de traitement ; ils sont constitués de cribles dont les mailles n'excèdent pas 6 mm, ou des systèmes équivalents assurant que la taille des particules solides présentes dans les effluents qui passent au travers du système n'est pas supérieure à 6 mm.
Les eaux souillées traitées sont évacuées vers un réseau extérieur d'assainissement dans les conditions fixées à l'article L. 1331-10 du code de la santé publique. Les refus de dégrillage sont destinés à être incinérés.

Si l'installation est équipée d'une unité de traitement des effluents (station d'épuration...), celle-ci dispose d'une unité de stockage étanche, close, d'une capacité permettant de faire face aux aléas de fonctionnement du site.

L'exploitant prend toutes les dispositions nécessaires dans la conception et l'exploitation des installations pour limiter la consommation d'eau. En cas de raccordement sur un réseau public, l'ouvrage est équipé d'un dispositif de disconnexion. Les volumes d'eau utilisés à partir d'un réseau public sont mesurés par le compteur dont est équipé le branchement de l'établissement.
Les ouvrages de prélèvement dans les cours d'eau ne gênent pas le libre écoulement des eaux. Lorsqu'ils sont construits dans le lit du cours d'eau, ils respectent, sans préjudice de l'autorisation éventuellement requise en application de l'article L. 432-3 du code de l'environnement, les dispositions des articles L. 432-5 et L. 432-6 dudit code. Leur mise en place est compatible avec les dispositions de schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux et du schéma d'aménagement et de gestion des eaux, lorsqu'il existe. Chaque point de prélèvement dans le sol ou les cours d'eau est équipé d'un compteur horaire totalisateur.
Les volumes consommés sont relevés journellement si le débit prélevé est susceptible de dépasser 100 m ³ / j et de manière hebdomadaire si ce débit est inférieur ; ils sont consignés dans un registre éventuellement informatisé tenu à disposition de l'inspection des installations classées.
Lors de la réalisation de forages en nappe, toutes dispositions sont prises pour éviter de mettre en communication des nappes d'eau distinctes, sauf autorisation explicite dans l'arrêté d'autorisation, et pour prévenir toute introduction de pollution de surface.
En cas de cessation d'utilisation d'un forage, l'exploitant prend les mesures appropriées pour l'obturation ou le comblement de cet ouvrage afin d'éviter la pollution des eaux souterraines.
La réalisation d'un nouveau forage ou la mise hors service d'un forage est portée à la connaissance du préfet avec tous les éléments d'appréciation de l'impact hydrogéologique.