L'Ecole nationale des greffes est dirigée par un magistrat de l'ordre judiciaire ou par un directeur des services de greffe judiciaires, nommé par le garde des sceaux, ministre de la justice, sur proposition du directeur des services judiciaires.

Responsable du budget opérationnel de programme (BOP), le directeur a autorité sur l'ensemble des personnels de l'école et des stagiaires. Il dirige l'ensemble des services, assure le fonctionnement et la discipline intérieure et prend toute mesure nécessaire à la sécurité et au bon ordre de l'école.

Le directeur est secondé dans ses missions par un directeur adjoint spécialement chargé de la programmation, l'animation, le suivi et l'évaluation des actions de formation initiale, continue et d'adaptation à l'emploi.

Les fonctions de directeur adjoint sont exercées par un directeur des services de greffe. Celui-ci exerce l'autorité hiérarchique sur les personnels chargés de l'enseignement et assure l'intérim en cas d'empêchement du directeur.

A l'exception des activités pédagogiques, qui relèvent directement du directeur adjoint en charge de ces questions, les services de école sont placés sous l'autorité du secrétaire général, assisté d'un secrétaire général adjoint. Sa mission consiste, sous l'autorité directe du directeur, à gérer les ressources humaines, programmer, organiser, établir et assurer le suivi du budget, des projets informatiques, des marchés publics ainsi que des opérations et prestations nécessaires pour le fonctionnement de l'école.
Les fonctions de secrétaire général et de secrétaire général adjoint sont exercées par des directeurs des services de greffe.

Outre la direction et le secrétariat général, l'Ecole nationale des greffes est composée de trois sous-directions, chacune placée sous l'autorité d'un sous-directeur :
1° La sous-direction de la formation à l'encadrement et à l'environnement judiciaire ;
2° La sous-direction de la formation aux méthodes et techniques de greffe ;
3° La sous-direction du suivi des stages et des parcours professionnels.

Les fonctions de sous-directeur sont exercées par des directeurs des services de greffe.

Un conseil pédagogique est institué à l'Ecole nationale des greffes.
Le conseil pédagogique donne son avis sur la définition des objectifs pédagogiques de l'Ecole nationale des greffes et sur l'évaluation des systèmes de formation mis en place.
Les travaux de cette instance feront l'objet d'une communication au comité technique spécial de service placé auprès du directeur des services judiciaires.

Le conseil pédagogique comprend :
Les membres ayant voix délibérative :
― les membres de droit :
― le directeur des services judiciaires ou son adjoint ;
― le directeur de l'école ;
― le sous-directeur des ressources humaines des greffes ou son adjoint ;
― le directeur adjoint et les sous-directeurs de l'école ;
― le secrétaire général ou le secrétaire général adjoint de l'école ;
― le directeur de l'Ecole nationale de la magistrature ou son représentant ;
― les membres élus de l'équipe pédagogique : trois représentants de l'équipe pédagogique désignés par leurs pairs selon les modalités prévues par le règlement intérieur de l'école.
Les membres ayant voix consultative :
― les membres désignés par le directeur de l'Ecole nationale des greffes :
― un directeur délégué à l'administration régionale judiciaire et deux responsables chargés de la gestion de la formation des services administratifs régionaux placés auprès des cours d'appel ; quatre directeurs de greffe ou leur représentant exerçant en cours d'appel, tribunaux judiciaires, tribunaux judiciaires et conseils de prud'hommes ;
― deux personnes qualifiées chargées de formation, dont un membre de l'université ;
― un représentant des promotions en cours de formation de directeur des services de greffe et de greffier désignés par les stagiaires.
Les représentants des syndicats représentatifs des personnels des services judiciaires.
Le directeur des services judiciaires et le directeur de l'école peuvent s'adjoindre le concours d'experts qui n'ont pas voix délibérative. Les personnes appelées à assister à une réunion ont voix consultative.

Le conseil pédagogique est présidé par le directeur des services judiciaires ou son adjoint, à défaut, par le directeur de l'école.
Le mandat des membres désignés par le directeur de l'école est de deux ans, renouvelable une fois.
En cas de vacance d'un siège par démission ou toute autre cause, il est procédé à une désignation complémentaire. Le nouveau membre achève le mandat de son prédécesseur.
Le conseil pédagogique se réunit au moins une fois par an sur convocation du président du conseil, qui en fixe l'ordre du jour.
Les avis sont émis après délibérations du conseil pédagogique, pris à la majorité des membres présents ou représentés ; en cas de partage des voix, la voix du président est prépondérante.
Le secrétariat du conseil est assuré par la direction de l'Ecole nationale des greffes.
Les procès-verbaux des réunions sont conservés par le directeur de l'école.
Dans l'exercice de ses missions, le conseil pédagogique peut se constituer en groupes de travail, auxquels peuvent s'adjoindre d'autres personnes en qualité d'experts pédagogiques.

Chaque année, le directeur de l'école adresse au directeur des services judiciaires un rapport d'ensemble sur l'activité, le fonctionnement et la gestion de l'école durant l'année précédente.