Le Conseil supérieur de la fonction publique territoriale siège soit en assemblée plénière, soit en formations spécialisées, soit en formation de bureau.

Le Conseil supérieur de la fonction publique territoriale fixe le nombre, la composition et les attributions de ses formations spécialisées. Il désigne les membres de ces formations ainsi que leur président.

Ces derniers sont désignés pour la durée de leur mandat au sein du conseil supérieur.

Le Conseil supérieur de la fonction publique territoriale détermine la composition de son bureau et en désigne les membres.

Le président est élu à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour et, s'il y a lieu, à la majorité relative aux tours suivants. Les fonctions du président cessent après l'élection des représentants des communes suivant le renouvellement général des conseils municipaux. Toutefois, son mandat se trouve prorogé jusqu'à l'installation de son successeur. Les fonctions de président sont renouvelables.

La présidence du bureau est assurée par le président du conseil supérieur. Le bureau établit l'ordre du jour des séances du conseil. Il coordonne l'activité des formations spécialisées.

Le bureau et les formations spécialisées du conseil supérieur sont composés d'un nombre égal de représentants des organisations syndicales et de représentants des collectivités territoriales.

Les organisations syndicales représentées au conseil supérieur disposent au minimum au bureau et dans chaque formation spécialisée d'un siège pour celles des organisations ayant un ou deux sièges au conseil supérieur et de deux sièges pour celles des organisations ayant trois sièges et plus au conseil supérieur.
La proportion minimale de 40 % de personnes de chaque sexe mentionnée à l'article 1er s'applique aux représentants titulaires et suppléants de chaque organisation syndicale de fonctionnaires territoriaux qui détient plus d'un siège au bureau et dans chaque formation spécialisée.

Les questions soumises au Conseil supérieur de la fonction publique territoriale sont soit inscrites directement à l'ordre du jour de l'assemblée plénière, soit renvoyées pour instruction à l'une des formations spécialisées. Une fois cette instruction terminée, l'affaire est portée devant l'assemblée plénière.

L'assemblée plénière du Conseil supérieur, par un vote favorable unanime, peut donner délégation au bureau pour émettre des avis et des propositions. Le bureau est alors habilité à présenter ces avis et propositions au ministre chargé des collectivités territoriales. Toutefois, au sein du bureau, un tiers au moins des membres présents ou représentés ayant voix délibérative du collège des représentants syndicaux ou un tiers au moins des membres présents ou représentés ayant voix délibérative du collège des employeurs territoriaux, a qualité pour demander le renvoi en assemblée plénière.

Seule l'assemblée plénière du conseil supérieur peut présenter les propositions prévues au deuxième alinéa de l'article 9 de la loi du 26 janvier 1984 précitée.

Les fonctions de président et de membre du Conseil supérieur de la fonction publique territoriale sont gratuites.

Seuls des frais de déplacement et de séjour sont alloués, le cas échéant, dans les conditions prévues par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 modifié fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.

Lorsque, en application de l'article 10 de la loi du 26 janvier 1984 précitée, le président du conseil supérieur convoque une personne dont l'audition est de nature à éclairer les débats, cette personne ne peut assister qu'à la partie des débats, à l'exclusion du vote, relative aux questions pour lesquelles son audition est demandée.

Des frais de déplacement et, le cas échéant, de séjour sont alloués, selon les conditions prévues au second alinéa de l'article 18, aux personnes qui sont auditionnées.
Pour chaque organisation syndicale, les frais mentionnés à l'alinéa précédent sont alloués dans la limite d'un nombre maximal de personnes auditionnées au titre de chaque année civile. Ce nombre, fixé par arrêté du ministre chargé des collectivités territoriales, tient compte du nombre de sièges détenus par chacune d'elles.

Le représentant du ministre chargé des collectivités territoriales ou du ministre chargé de la fonction publique assiste aux délibérations du Conseil supérieur sans voix délibérative. Il peut assister également aux réunions des formations spécialisées.

Les représentants d'autres départements ministériels peuvent assister aux séances pour les débats qui les concernent.