Le BEA mer est placé auprès de l'inspecteur général des services des affaires maritimes.
Il a pour mission de réaliser les enquêtes techniques sur les événements de mer.
Il a également vocation à recueillir, exploiter et diffuser les informations relatives aux pratiques et aux enseignements de retour d'expérience sur les événements de mer.
Il réalise des études et recherches en matière de retour d'expérience et d'accidentologie.

Le directeur du BEA mer est nommé par arrêté du ministre chargé de la mer, sur la proposition de l'inspecteur général des services des affaires maritimes, parmi les agents de l'Etat de catégories A ayant au moins vingt ans d'expérience professionnelle dans le domaine des activités et de la sécurité maritimes.

L'ouverture d'une enquête est décidée par le ministre chargé de la mer, à son initiative ou sur proposition du directeur du BEA mer.
Le directeur propose au ministre chargé de la mer la réglementation relative à la préservation des éléments de l'enquête technique ainsi qu'à l'utilisation des enregistreurs de bord.

Le BEA mer comprend, outre le directeur et le secrétaire général, des enquêteurs techniques, désignés parmi les agents de l'Etat de catégorie A ou de niveau équivalent. Leur nomination vaut commissionnement en qualité d'enquête technique. Le BEA mer comprend également des agents techniques ou administratifs. Ces enquêteurs et agents sont, selon qu'ils sont titulaires ou contractuels, affectés ou recrutés sur proposition du directeur du BEA mer.
Pour chaque enquête, le directeur du BEA mer propose au ministre, soit le recours aux moyens propres du bureau, soit la constitution d'une commission d'enquête. Dans ce dernier cas, le ministre désigne, sur proposition du directeur, le président de la commission choisi parmi les enquêteurs du BEA mer, ainsi que les autres membres de la commission choisis en fonction de leurs compétences et présentant des garanties d'indépendance et d'impartialité. Les membres de la commission ont la qualité d'enquêteur technique.
Le BEA mer peut faire appel à des experts, éventuellement étrangers, qui sont soumis au secret professionnel dans les mêmes conditions que les agents du BEA mer.
La rémunération des enquêteurs techniques et des experts qui ne sont pas affectés au BEA mer ou qui ne sont pas mis à sa disposition, est fixée par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la mer.

Les enquêteurs techniques, autres que ceux mentionnés au premier alinéa de l'article 15, sont commissionnés par le ministre chargé de la mer sur proposition du directeur du BEA mer, sous réserve qu'ils n'aient fait l'objet d'aucune condamnation ou décision mentionnée au bulletin n° 2 du casier judiciaire national.
Le commissionnement peut leur être retiré dans l'intérêt du service selon la même procédure.

Sur proposition du directeur du BEA mer ou à la demande d'une autorité étrangère transmise par voie diplomatique, le ministre chargé de la mer peut autoriser des enquêteurs techniques relevant d'organismes étrangers homologues à participer à des investigations sur le territoire national ou à bord de navires français. Ils peuvent, dans les mêmes conditions, être associés à l'enquête dans le cas où l'événement de mer intéresse un navire ou un ressortissant étranger.
Le directeur du BEA mer fixe les modalités de participation ou d'association de ces enquêteurs techniques aux investigations ou aux enquêtes.