Le directeur du centre départemental est assisté d'un comité consultatif dont la présidence est assurée par le recteur ou son représentant. Le recteur fixe la composition du comité qui comprend notamment des représentants des établissements d'enseignement supérieur, des lycées, des collèges et des écoles, des représentants des collectivités territoriales et des personnalités qualifiées.
Le fonctionnement du comité consultatif est fixé par le règlement intérieur qu'il adopte.