Le centre Jean-François-Champollion est administré par un conseil d'administration assisté par un conseil scientifique et pédagogique. Il est dirigé par un directeur chargé notamment de la gestion de l'établissement. Le directeur est assisté d'un secrétaire général et de directeurs adjoints.

Le centre Jean-François-Champollion est structuré en départements et en tant que de besoin en services.

Le directeur, enseignant-chercheur, est nommé pour une durée de trois ans, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur une liste de trois noms présentée par le conseil d'administration. Son mandat est immédiatement renouvelable une fois.
Le secrétaire général est nommé, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du directeur.
Le directeur nomme les directeurs adjoints après avis du conseil d'administration.

Le conseil d'administration du centre Jean-François-Champollion comprend quarante-huit membres répartis comme suit :
Dix-huit membres de droit :
- cinq présidents ou directeurs d'établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel ou leurs représentants désignés par le recteur d'académie ;
- trois directeurs d'instituts universitaires de technologie désignés par le recteur d'académie ;
- le directeur de l'institut universitaire de formation des maîtres de l'académie de Toulouse ;
- le président du conseil régional Midi-Pyrénées ou son représentant ;
- les présidents des conseils généraux de l'Aveyron, du Lot et du Tarn ou leurs représentants ;
- le maire de la ville d'Albi ou son représentant ;
- le maire de la ville de Figeac ou son représentant ;
- le président de la communauté d'agglomération Castres-Mazamet ou son représentant ;
- le président de la communauté d'agglomération du Grand Rodez ou son représentant ;
- le président du conseil économique et social régional ou son représentant.
Six personnalités extérieures désignées par le recteur d'académie dont deux représentants des organisations économiques et sociales, soit un représentant des organisations d'employeurs et un représentant des organismes de salariés.
Vingt-quatre membres élus par collèges :
- six représentants des professeurs d'université et personnels assimilés en application des dispositions de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;

- six représentants des autres enseignants-chercheurs et personnels assimilés en application des dispositions de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé et des autres enseignants, dont quatre maîtres de conférences et deux autres enseignants élus par des collèges distincts :
- quatre représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux, de santé et de service ;
- huit représentants des usagers.

Le conseil d'administration élit au scrutin uninominal majoritaire à deux tours et pour un mandat de trois ans renouvelable un président parmi les personnalités extérieures membres du conseil. Un vice-président est désigné dans les mêmes conditions. Il assure la présidence en cas d'empêchement temporaire du président.
Le président veille à l'accomplissement par le centre de ses missions et, en particulier, au développement des liens de ce dernier avec les établissements et organismes intervenant dans ses domaines d'activité.
Le recteur de l'académie ou son représentant, le directeur, le secrétaire général, les directeurs adjoints, l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.
Le président du conseil d'administration peut inviter à assister aux séances du conseil, avec voix consultative, toute personne dont la présence lui paraît utile.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président ; en outre, il peut se réunir en séance extraordinaire et sur un ordre du jour précis à l'initiative de son président ou à la demande de la moitié au moins de ses membres ou du directeur du centre. L'ordre du jour, établi par le président, est notifié aux membres du conseil au moins huit jours à l'avance.
Le conseil d'administration siège valablement si la moitié des membres en exercice est présente ou représentée. Toutefois, en matière budgétaire et statutaire, le conseil d'administration délibère valablement si la moitié des membres qui le compose est présente. Si le quorum n'est pas atteint à l'ouverture de la séance, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours et peut valablement siéger, quel que soit le nombre des membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents ou représentés. La voix du président est prépondérante en cas de partage égal des voix.
Un membre empêché peut donner procuration à un autre membre. Aucun membre ne peut recevoir plus de deux procurations.

Le conseil d'administration peut créer toutes les commissions consultatives utiles. Il en désigne les membres et en définit les missions.

Le conseil scientifique et pédagogique comprend quarante-deux membres, répartis comme suit :
- le directeur du centre Jean-François-Champollion ;
- cinq présidents ou directeurs d'établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel ou leurs représentants, désignés par le recteur d'académie ;
- trois directeurs d'instituts universitaires de technologie ou leurs représentants, désignés par le recteur d'académie ;
- le directeur de l'institut universitaire de formation des maîtres de l'académie de Toulouse ou son représentant ;
- le directeur de l'Ecole nationale supérieure des techniques industrielles et des mines d'Albi-Carmaux.
Vingt-quatre représentants élus des usagers, enseignants, IATOSS :
- quatre représentants des professeurs d'université et personnels assimilés en application des dispositions de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
- trois représentants des autres enseignants-chercheurs et personnels assimilés en application des dispositions de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
- deux représentants des autres enseignants ;
- trois représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux, de santé et de service ;
- douze représentants des usagers.
Sept personnalités extérieures :
- le directeur du CROUS ;
- six personnalités désignées par les autres membres du conseil scientifique et pédagogique.
Le président du conseil scientifique et pédagogique est élu par et parmi les membres du conseil en raison de ses compétences scientifiques et pédagogiques, au scrutin uninominal majoritaire à deux tours pour une durée de quatre ans renouvelable.
Le secrétaire général et l'agent comptable du centre Jean-François-Champollion, le directeur du service interétablissements de coopération documentaire de Toulouse, assistent avec voix consultative au conseil scientifique et pédagogique.
Le conseil scientifique et pédagogique se réunit sur convocation de son président au moins deux fois par an dans les mêmes conditions que le conseil d'administration. Le conseil pourra créer des commissions spécialisées dont la composition et le rôle sont définis par le règlement intérieur du centre Jean-François-Champollion, notamment une commission recherche et une commission pédagogique.
Les modalités de fonctionnement du conseil sont précisées par le règlement intérieur.

Les membres du conseil d'administration et du conseil scientifique et pédagogique sont élus ou nommés pour une durée de quatre ans à l'exception des représentants des usagers dont le mandat est de deux ans.

Le mandat des membres des conseils cesse lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.
Lorsqu'un membre d'un conseil élu selon un mode de scrutin prévoyant le panachage perd la qualité au titre de laquelle il a été élu ou lorsque son siège devient vacant, il est remplacé, pour la durée du mandat restant à courir, par le candidat de la même liste non élu ayant obtenu le plus de voix. Si le panachage n'est pas autorisé, il est remplacé, dans les mêmes conditions, par le candidat de la même liste venant immédiatement après le dernier candidat élu.

Sont électeurs et éligibles au conseil d'administration et au conseil scientifique et pédagogique dans le collège correspondant à leur grade ou à leur catégorie :
1° Les enseignants-chercheurs et personnels assimilés affectés au centre Jean-François-Champollion qui assurent au moins un cinquième de leurs obligations de service de référence ;
2° Les enseignants-chercheurs et personnels assimilés affectés dans d'autres établissements qui assurent au moins un cinquième de leurs obligations de service de référence ;
3° Les autres personnels enseignants qui assurent au centre Jean-François-Champollion au moins quarante heures annuelles d'enseignement ;
4° Les personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux, de santé et de service qui assurent au centre Jean-François-Champollion un service au moins égal à un mi-temps ;
5° Les usagers régulièrement inscrits au centre Jean-François-Champollion.

Les représentants des personnels sont élus au scrutin de liste à un tour avec représentation proportionnelle au plus fort reste, panachage et possibilité de listes incomplètes.
Les représentants des usagers sont élus selon les mêmes modalités mais sans panachage.
Le règlement intérieur du centre Jean-François-Champollion fixe les modalités d'application de ces dispositions.

Les scrutins sont secrets. Nul ne peut prendre part au vote s'il n'est inscrit sur une liste électorale. Les électeurs peuvent exercer leur droit de vote par correspondance.
Le directeur du centre est chargé de l'organisation des opérations électorales. Il fixe, un mois au moins avant la date du scrutin, la date des élections. Il est assisté d'une commission électorale dont il fixe la composition. Le directeur proclame les résultats du scrutin.
Le règlement intérieur fixe les modalités d'application de ces dispositions.

Tout électeur ainsi que le directeur du centre et le recteur peuvent invoquer l'irrégularité ou la nullité des opérations électorales devant le tribunal administratif du ressort.

Une section disciplinaire est constituée dans les conditions fixées par l'article L. 741-1 du code de l'éducation.