Le conseil scientifique et pédagogique comprend quarante-deux membres, répartis comme suit :

• le directeur du centre Jean-François-Champollion ;
• cinq présidents ou directeurs d'établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel ou leurs représentants, désignés par le recteur d'académie ;
• trois directeurs d'instituts universitaires de technologie ou leurs représentants, désignés par le recteur d'académie ;
• le directeur de l'institut universitaire de formation des maîtres de l'académie de Toulouse ou son représentant ;
• le directeur de l'Ecole nationale supérieure des techniques industrielles et des mines d'Albi-Carmaux.

Vingt-quatre représentants élus des usagers, enseignants, IATOSS :
- quatre représentants des professeurs d'université et personnels assimilés en application des dispositions de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
- trois représentants des autres enseignants-chercheurs et personnels assimilés en application des dispositions de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;

• deux représentants des autres enseignants ;
• trois représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux, de santé et de service ;
• douze représentants des usagers.

Sept personnalités extérieures :

• le directeur du CROUS ;
• six personnalités désignées par les autres membres du conseil scientifique et pédagogique.

Le président du conseil scientifique et pédagogique est élu par et parmi les membres du conseil en raison de ses compétences scientifiques et pédagogiques, au scrutin uninominal majoritaire à deux tours pour une durée de quatre ans renouvelable.
Le secrétaire général et l'agent comptable du centre Jean-François-Champollion, le directeur du service interétablissements de coopération documentaire de Toulouse, assistent avec voix consultative au conseil scientifique et pédagogique.
Le conseil scientifique et pédagogique se réunit sur convocation de son président au moins deux fois par an dans les mêmes conditions que le conseil d'administration. Le conseil pourra créer des commissions spécialisées dont la composition et le rôle sont définis par le règlement intérieur du centre Jean-François-Champollion, notamment une commission recherche et une commission pédagogique.
Les modalités de fonctionnement du conseil sont précisées par le règlement intérieur.