La certification environnementale est délivrée pour trois ans, par un organisme certificateur agréé dans les conditions prévues par la section 4. La certification des niveaux deux et trois peut être individuelle ou s'effectuer dans un cadre collectif.

Après l'évaluation initiale permettant l'attribution de la certification, l'organisme certificateur effectue des audits de suivi dans les conditions définies par le plan de contrôle arrêté par le ministre chargé de l'agriculture et le ministre chargé de l'environnement.

L'organisme certificateur prend les mesures sanctionnant les manquements au référentiel de deuxième niveau et au respect des seuils de performance de troisième niveau.

Il peut, après avoir permis au détenteur de la certification de produire des observations, prononcer la suspension ou le retrait de la certification. Il notifie sa décision à l'exploitant ou à la structure collective qui a demandé la certification.