Le fonctionnement du comité d'orientation stratégique et de développement agricole est régi par les dispositions des articles 8 et 9 du décret n° 2006-665 du 7 juin 2006 relatif à la réduction du nombre et à la simplification de la composition de diverses commissions administratives et par celles du décret n° 2006-672 du 8 juin 2006 relatif à la création, à la composition et au fonctionnement de commissions administratives à caractère consultatif.

Son secrétariat est assuré par la direction de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt.