La liquidation des salaires est effectuée lorsque le navire arrive au port où il termine son voyage.

En outre, les salaires sont liquidés :

1° Pour les navires armés au long cours ou au cabotage international, dont la durée du voyage est supérieure à un an :

annuellement, au premier port touché par le bâtiment ;

2° Pour les navires armés au cabotage national dont la durée du voyage est supérieure à un mois : mensuellement, au premier port touché par le bâtiment.

Les conventions des parties peuvent déroger aux dispositions portées ci-dessus, à condition qu'elles ne fassent pas obstacle à la liquidation des salaires lors de la clôture du rôle d'équipage et qu'elles ne prolongent pas au-delà de trois mois la période comprise entre deux liquidations faites en France, lorsque le navire revient dans un port de France à des intervalles plus rapprochés.

Pour tout marin débarqué isolément en France ou à l'étranger avant l'expiration du voyage, la liquidation des salaires a lieu au moment du débarquement.

Si la liquidation des salaires a lieu dans un port de France, le payement en est effectué immédiatement au marin ou à ses ayants droit.
Si la liquidation des salaires a lieu dans un port étranger, les salaires sont payés en France au marin ou à ses ayants droit. Toutefois, l'autorité chargée de l'inspection du travail maritime pourra prescrire le payement d'un acompte.
Au cas d'un retard de payement imputable à l'armateur, le marin peut réclamer des dommages-intérêts.

Les parts de profit sont payées conformément aux conventions et usages.
Des décrets détermineront, pour les contrats d'engagement de grande pêche, les délais de liquidation des comptes et les délais de payement de l'équipage, ainsi que les indemnités dues aux marins quand le payement des salaires n'est pas effectué dans les délais légaux.

Lors du débarquement du marin mettant fin à son contrat d'engagement, l'autorité chargée de l'inspection du travail maritime reçoit les déclarations des parties sur le règlement des salaires. Il est fait mention au rôle d'équipage et sur le livret professionnel du marin de la déclaration faite, sans indication de somme.
En aucun lieu, il ne peut être utilisé de moyens de paiement ayant pour objet de suppléer ou de remplacer les signes monétaires ayant cours légal. Si le paiement est fait à l'étranger en monnaie étrangère, il est effectué, sous le contrôle de l'autorité consulaire, au taux de change fixé pour les opérations de chancellerie.

Les salaires du marin absent ou disparu au moment du payement sont versés à la caisse des gens de mer pour le compte des ayants droit.

Si le décompte des salaires n'est pas accepté par l'armateur ou son représentant, la partie non contestée des salaires est payée au marin ; la partie contestée est versée à la caisse des gens de mer, où elle reste en dépôt jusqu'à ce qu'il ait été statué par le juge compétent à la requête de la partie la plus diligente.

Toute transaction sur le montant du décompte des salaires est nulle si elle n'est pas homologuée par l'autorité chargée de l'inspection du travail maritime.