L'Etat supporte les frais de l'entretien et de l'exploitation des écluses d'accès, de l'entretien des chenaux d'accès maritimes, de la profondeur des avant-ports, des ouvrages de protection contre la mer. Il supporte, dans les mêmes conditions, pour l'exécution de ces travaux, les dépenses relatives aux engins de dragage dont le régime de propriété et les conditions d'exploitation sont fixés par décret en Conseil d'Etat.
Le programme et le montant des dépenses de ces opérations sont arrêtés chaque année par décision de l'autorité compétente.

L'Etat participe dans la proportion de 80 % aux dépenses résultant des opérations de modernisation suivantes :

• creusement des bassins ;
• création et extension des chenaux d'accès maritimes et des plans d'eau des avant-ports ;
• construction et extension d'ouvrages de protection contre la mer et d'écluses d'accès, ainsi que renouvellement de ces deux dernières catégories d'ouvrages.

En outre, l'Etat rembourse 60 % des sommes versées pour le service des emprunts émis pour faire face aux opérations de même nature engagées antérieurement à la création du port autonome et que celui-ci contracte ou prend en charge en application de l'article L. 111-10.

Les charges des travaux de création, d'extension ou de renouvellement des ouvrages d'infrastructure et engins de radoub autres que ceux visés à l'article L. 111-5 sont couvertes dans la proportion de 60 % par des participations de l'Etat.
En outre, l'Etat rembourse 20 % des sommes versées pour le service des emprunts émis pour faire face aux opérations de même nature engagées antérieurement à la création du port autonome et que celui-ci contracte ou prend en charge en application de l'article L. 111-10.

La reconstruction des ouvrages d'infrastructure du port et de leurs dépendances, détruits par les faits de la guerre 1939-1945, fait l'objet d'une indemnisation de l'Etat égale à la reconstruction de l'ouvrage détruit.
La reconstruction des autres installations est à la charge du port autonome, sous réserve des indemnisations qui lui sont dues en application de la législation générale sur les dommages de guerre du fait de la substitution aux droits des chambres de commerce et d'industrie ou de l'ancien port autonome.

Les participations de l'Etat visées aux articles L. 111-4 à L. 111-7 sont égales à la fraction des dépenses réelles qui est à sa charge, augmentée de la part correspondante des frais généraux du port autonome.

Le produit des droits de port perçus par le port autonome constitue une recette ordinaire de l'établissement.