Il y a un ou plusieurs juges d'instruction dans chaque département.

Lorsqu'il existe plusieurs tribunaux judiciaires dans un département, un décret peut fixer la liste des tribunaux dans lesquels il n'y a pas de juge d'instruction. Ce décret précise quel est le tribunal judiciaire dont le ou les juges d'instruction sont compétents pour connaître des informations concernant des infractions relevant, en application de l'article 43 (Compétence territoriale du procureur de la République)Art. 43Compétence territoriale du procureur de la RépubliqueL'article explique quels procureurs de la République sont compétents pour traiter une affaire, selon le lieu de l'infraction, la résidence des suspects ou leur arrestation., de la compétence du procureur de la République du tribunal dans lequel il n'y a pas de juge d'instruction.

Dans certains tribunaux judiciaires, les juges d'instruction sont regroupés au sein d'un pôle de l'instruction.

Les juges d'instruction composant un pôle de l'instruction sont seuls compétents pour connaître des informations donnant lieu à une cosaisine dans les conditions prévues aux articles 83-1 (La cosaisine des juges d'instruction)Art. 83-1La cosaisine des juges d'instructionL'article explique comment plusieurs juges d'instruction peuvent travailler ensemble sur une affaire complexe. et 83-2 (Rôle du juge coordinateur dans une enquête pénale)Art. 83-2Rôle du juge coordinateur dans une enquête pénaleEn cas de plusieurs juges d'instruction sur une même affaire, l'un d'eux coordonne les investigations et a le pouvoir exclusif de demander la libération d'une personne ou de clore l'enquête..

Ils sont également seuls compétents pour connaître des informations en matière de crime et le demeurent en cas de requalification des faits au cours de l'information ou lors du règlement de celle-ci. Toutefois, s'il s'agit d'un crime puni de quinze ans ou de vingt ans de réclusion criminelle, lorsqu'il n'est pas commis en état de récidive légale et si le procureur de la République considère qu'il résulte des circonstances de l'espèce et de son absence de complexité que le recours à la cosaisine, même en cours d'instruction, paraît peu probable, il peut requérir l'ouverture de l'information auprès du juge d'instruction du tribunal judiciaire dans lequel il n'y a pas de pôle de l'instruction.

La liste des tribunaux dans lesquels existe un pôle de l'instruction et la compétence territoriale des juges d'instruction qui le composent sont déterminées par décret. Cette compétence peut recouvrir le ressort de plusieurs tribunaux judiciaires. Un ou plusieurs juges d'instruction peuvent être chargés, en tenant compte s'il y a lieu des spécialisations prévues par les articles 704 (Compétence des juridictions pour les affaires complexes en matière économique et financière)Art. 704Compétence des juridictions pour les affaires complexes en matière économique et financièreL'article explique comment les tribunaux peuvent gérer les affaires complexes en matière économique et financière, en étendant leur compétence territoriale.,706-2 (Extension de compétence pour les infractions sanitaires et environnementales)Art. 706-2Extension de compétence pour les infractions sanitaires et environnementalesL'article étend la compétence territoriale de certains tribunaux judiciaires pour enquêter, poursuivre et juger des infractions complexes en matière de santé et d'environnement.,706-17 (Compétence des autorités pour les actes de terrorisme)Art. 706-17Compétence des autorités pour les actes de terrorismeL'article définit les autorités compétentes pour poursuivre, instruire et juger les actes de terrorisme sur tout le territoire français., 706-78-1 (Désignation des magistrats pour les affaires graves)Art. 706-78-1Désignation des magistrats pour les affaires gravesL'article explique comment les magistrats sont désignés pour traiter des affaires graves comme la criminalité organisée. et 706-107 (Compétence des tribunaux pour juger la pollution marine)Art. 706-107Compétence des tribunaux pour juger la pollution marineL'article explique comment les tribunaux peuvent juger les crimes de pollution en mer, même dans des zones spéciales comme la zone économique exclusive., de coordonner l'activité des juges d'instruction au sein du pôle, dans des conditions fixées par décret.