La direction générale des infrastructures, des transports et des mobilités comprend :

• la direction des mobilités routières ;
• la direction des transports ferroviaires et fluviaux et des ports ;
• la sous-direction des affaires financières ;
• la sous-direction des ressources humaines, des compétences et des moyens ;
• la sous-direction de la stratégie, de la planification, de l'innovation et du numérique.

La sous-direction du droit social des transports terrestres et le Centre d'études des tunnels sont placés sous l'autorité conjointe de la direction des mobilités routières et de la direction des transports ferroviaires et fluviaux et des ports.
En outre, le directeur général des infrastructures, des transports et des mobilités est le commissaire délégué aux transports terrestres.
La direction générale des infrastructures, des transports et des mobilités s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences du Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement.