Les conditions de traitement des effluents et les valeurs limites d'émissions sont fixées dans l'arrêté préfectoral sur la base de l'emploi des meilleures technologies ou références disponibles à un coût économiquement acceptable et des caractéristiques particulières de l'environnement.

Les dispositions de l'arrêté du 20 août 1985 relatif aux bruits aériens émis dans l'environnement par les installations classées pour la protection de l'environnement sont complétées en matière d'émergence par les dispositions suivantes.
Le niveau sonore des bruits en provenance de l'élevage ne doit pas compromettre la santé ou la sécurité du voisinage ou constituer une gêne pour sa tranquillité. A cet effet, son émergence doit rester inférieure aux valeurs suivantes :

Pour la période allant de 6 heures à 22 heures

Pour la période allant de 22 heures à 6 heures

Emergence maximale admissible : 3 db(A), à l'exception de la période de chargement ou de déchargement des animaux.
L'émergence est définie par la différence entre le niveau de bruit ambiant lorsque l'installation fonctionne et celui du bruit résiduel lorsque l'installation n'est pas en fonctionnement.
Les niveaux de bruit sont appréciés par le niveau de pression continu équivalent Leq.
L'émergence due aux bruits engendrés par l'installation reste inférieure aux valeurs fixées ci-dessus :
- en tous points de l'intérieur des habitations riveraines occupées par des tiers ou des locaux riverains habituellement occupés par des tiers, que les fenêtres soient ouvertes ou fermées ;
- le cas échéant, en tous points des abords immédiats (cour, jardin, terrasse, etc.) de ces mêmes locaux.
Les véhicules de transport, les matériels de manutention et les engins de chantier qui peuvent être utilisés à l'intérieur de l'installation sont conformes à la réglementation en vigueur (les engins de chantier répondent aux dispositions du décret n° 69-380 du 18 avril 1969).
L'usage de tout appareil de communication par voie acoustique (sirènes, avertisseurs, haut-parleurs, etc.) gênant pour le voisinage est interdit, sauf si son emploi est exceptionnel et réservé à la prévention ou au signalement d'incidents graves ou d'accidents.

Les effluents de l'élevage sont traités :
- soit par épandage sur des terres agricoles, conformément aux dispositions des articles 16, 17 et 18 ;
- soit dans une station d'épuration dans les conditions prévues à l'article 19 en ce qui concerne les effluents ;
- soit sur un site spécialisé dans les conditions prévues à l'article 20 ;
- soit par tout autre moyen équivalent autorisé par le préfet.

Tout rejet direct d'effluents dans les eaux souterraines est interdit. Tout rejet d'effluents non traités dans les eaux superficielles douces et marines est strictement interdit.

Les distances minimales entre, d'une part, les parcelles d'épandage des effluents et, d'autre part, toute habitation occupée par des tiers ou tout local habituellement occupé par des tiers, les stades ou les terrains de camping agréés, à l'exception des terrains de camping à la ferme, sont fixées dans les tableaux suivants :

Pour pouvoir bénéficier des distances d'épandage prévues à l'article 16 dans le cas du compostage, les effluents doivent préalablement à leur épandage être compostés selon les conditions suivantes :
- les andains doivent faire l'objet d'au minimum deux retournements ou d'une aération forcée ;
- la température des andains doit être supérieure à 55 °C pendant 15 jours ou 50 °C pendant six semaines. L'élévation de la température est surveillée par des prises de température hebdomadaire, en plusieurs endroits en prenant la précaution de mesurer le milieu de l'andain ;
- le compostage est réalisé sur une aire ou une fosse pour les lisiers permettant de récupérer les liquides d'égouttage qui sont soit utilisés pour l'humidification des andains, soit dirigés vers les installations de stockage ou de traitement des effluents. Cette disposition ne s'applique pas au compostage des fumiers compacts pailleux dont les conditions de stockage sont définies à l'article 11 ;
- les résultats des prises de températures seront consignés sur un cahier d'enregistrement où seront indiqués, pour chaque site de compostage, la nature des produits compostés, les dates de début et de fin de compostage ainsi que celles de retournement des andains et l'aspect macroscopique du produit final (couleur, odeur, texture).

1. Les effluents de l'exploitation incluant ceux du ou des ateliers bovins et ceux des autres activités d'élevage exercées au sein de cette exploitation peuvent être soumis à une épuration naturelle par le sol et son couvert végétal, dans les conditions précisées ci-après.
   Les apports azotés, toutes origines confondues (effluents d'élevage, effluents d'origine agroalimentaire, engrais chimique ou autres apports azotés d'origine organique ou minérale), sur les terres faisant l'objet d'un épandage, tiennent compte de la nature particulière des terrains et de la rotation des cultures.
   La fertilisation doit être équilibrée et correspondre aux capacités exportatrices réelles de la culture ou de la prairie - naturelle ou artificielle - concernée.
   En aucun cas la capacité d'absorption des sols ne doit être dépassée, de telle sorte que ni la stagnation prolongée sur les sols ni le ruissellement en dehors du champ d'épandage, ni une percolation rapide vers les nappes souterraines ne puissent se produire.
   La fertilisation est interdite sur toutes les légumineuses sauf la luzerne et les prairies d'association graminées-légumineuses.
2. Tout épandage est subordonné à la production d'un plan d'épandage. Ce plan définit, en fonction de leur aptitude à l'épandage, les parcelles cadastrales qui pourront faire l'objet d'épandage d'effluents organiques. Il doit démontrer que chacune des parcelles réceptrices, y compris celles mises à disposition par des tiers, est apte à permettre la valorisation agronomique des effluents.
   Le plan d'épandage comporte au minimum les éléments suivants :
   - identification des parcelles (références cadastrales et surface totale et épandable) regroupées par exploitant ;
   - identité et adresse de l'exploitant et des prêteurs de terres qui ont souscrit un contrat écrit avec l'exploitant ;
   - localisation sur une représentation cartographique à une échelle comprise entre 1/10 000 et 1/5 000 des parcelles concernées et des surfaces exclues de l'épandage en les différenciant et en indiquant les motifs d'exclusion ;
   - systèmes de culture envisagés (cultures en place et principales successions) ;
   - nature, teneur en azote avec indication du mode d'évaluation de cette teneur (analyses ou références) et quantité des effluents qui seront épandus ;
   - doses maximales admissibles par type d'effluent, de sol et de cultures en utilisant des références locales ;
   - calendrier prévisionnel d'épandage rappelant les périodes durant lesquelles l'épandage est interdit ou inapproprié.
   L'ensemble de ces éléments est présenté dans un document de synthèse tenu à disposition de l'inspecteur des installations classées.
   Toute modification notable du plan d'épandage doit être portée avant sa réalisation à la connaissance du préfet.
3. Le préfet fixe, le cas échéant, la quantité d'azote à ne pas dépasser conformément au programme d'action en vigueur.
   S'il apparaît nécessaire de renforcer la protection des eaux, le préfet fixe les quantités d'azote et de phosphore en fonction de l'état initial du site, du bilan global de fertilisation figurant dans l'étude d'impact et des risques d'érosion des terrains, de ruissellement vers les eaux superficielles ou de lessivage.
4. L'épandage est interdit :
   - à moins de 50 mètres des points de prélèvement d'eau destinée à l'alimentation des collectivités humaines ou des particuliers ;
   - à moins de 200 mètres des lieux de baignade (à l'exception des piscines privées) et des plages ;
   - à moins de 500 mètres des piscicultures soumises à autorisation ou déclaration sous la rubrique 2130 de la nomenclature des installations classées et des zones conchylicoles, sauf dérogation liée à la topographie et prévue par l'arrêté d'autorisation ;
   - à moins de 35 mètres des berges des cours d'eau ;
   - sur les sols pris en masse par le gel (exception faite par les fumiers) ou abondamment enneigés ;
   - sur les sols inondés ou détrempés ;
   - pendant les périodes de fortes pluviosités ;
   - sur les sols non utilisés en vue d'une production agricole ;
   - sur les terrains de forte pente sauf s'il est mis en place des dispositifs prévenant tout risque de ruissellement ;
   - par aéro-aspersion au moyen de dispositifs qui génèrent des aérosols.
   Ces dispositions sont sans préjudice des dispositions édictées par les autres règles applicables aux élevages et définies dans le cadre des programmes d'action en vue de la protection des eaux par les nitrates d'origine agricole ou du programme de maîtrise des pollutions d'origine agricole.

En cas de traitement dans une station d'épuration, le flux de pollution résiduelle journalier rejeté au milieu naturel respecte les valeurs maximales suivantes :
- DCO :
350 g par bovin et par jour ;
22 g par veau de boucherie et par jour ;
- DBO5 :
120 g par bovin et par jour ;
12 g par veau de boucherie et par jour ;
- MES :
35 g par bovin et par jour ;
12 g par veau de boucherie et par jour ;
- phosphore (phosphore total) : 10 mg/l en concentration moyenne mensuelle lorsque le flux journalier maximal autorisé est égal ou supérieur à 15 kg/jour, 2 mg/l en concentration moyenne mensuelle lorsque le flux journalier maximal autorisé est égal ou supérieur à 40 kg/jour et 1 mg/l en concentration moyenne mensuelle lorsque le flux journalier maximal autorisé est supérieur à 80 kg/jour. Toutefois, des valeurs limites de concentration différentes peuvent être fixées par l'arrêté d'autorisation lorsque le rendement de la station d'épuration de l'installation atteint au moins 90 % pour le phosphore ;
- plomb et composés (en Pb) : 0,5 mg/l si le rejet dépasse 5 g/j ;
- cuivre et composés (en Cu) : 0,5 mg/l si le rejet dépasse 5 g/j ;
- zinc et composés (en Zn) : 2 mg/l si le rejet dépasse 20 g/j.
Des valeurs plus faibles peuvent être fixées par l'arrêté d'autorisation, notamment pour être compatibles avec les objectifs de qualité fixés pour le milieu récepteur.
Pour pallier toute panne de l'installation de traitement des effluents, l'installation dispose de bassins de sécurité étanches qui permettent de stocker la totalité des effluents le temps nécessaire à la remise en fonctionnement correcte de l'installation.
Epandage des boues :
Les boues peuvent être épandues sur des terres agricoles en respectant les prescriptions des articles 16 et 18.

Les effluents provenant des activités d'élevage de l'exploitation peuvent, totalement ou en partie, être traités sur un site autorisé ou déclaré au titre du livre II, titre Ier, et livre V du code de l'environnement.
L'exploitant tient à la disposition de l'inspecteur des installations classées le relevé des quantités livrées et la date de livraison.

L'installation est maintenue en parfait état d'entretien.
L'exploitant lutte contre la prolifération des insectes et des rongeurs aussi souvent que nécessaire.
Les produits de nettoyage, de désinfection, de traitement et les produits dangereux sont stockés dans des conditions propres à éviter tout déversement accidentel dans le milieu naturel et tous risques pour la sécurité et la santé des populations avoisinantes et pour la protection de l'environnement.

Les déchets de l'exploitation, et notamment les emballages et les déchets de soins vétérinaires, sont stockés dans des conditions ne présentant pas de risques (prévention des envols, des infiltrations dans le sol et des odeurs, etc.) pour les populations avoisinantes humaines et animales et l'environnement.
Ils sont éliminés ou recyclés conformément à la réglementation en vigueur.
Tout brûlage à l'air libre de déchets est interdit.

Les animaux morts sont enlevés par l'équarrisseur ou détruits selon les modalités prévues par le code rural.

Les installations électriques sont conformes aux normes et réglementation en vigueur.
Les moyens de lutte contre l'incendie sont fixés par l'arrêté préfectoral.