L'exploitant prend les dispositions appropriées pour intégrer l'élevage dans le paysage.

Tous les sols des bâtiments d'élevage, de la salle de traite, de la laiterie, de la fromagerie et des aires d'ensilage, toutes les installations d'évacuation (canalisations, caniveaux à lisier, etc.) ou de stockage des effluents sont imperméables et maintenus en parfait état d'étanchéité. La pente des sols des bâtiments d'élevage ou des installations annexes doit permettre l'écoulement des effluents vers les ouvrages de stockage ou de traitement.
A l'intérieur des bâtiments d'élevage, de la salle de traite, de la laiterie et de la fromagerie, le bas des murs, sur une hauteur d'un mètre au moins, est imperméable et maintenu en parfait état d'étanchéité.
Dans le cas d'élevages sur litière accumulée, des dispositions particulières peuvent être fixées dans les arrêtés individuels.

Un compteur d'eau volumétrique est installé sur la conduite d'alimentation en eau de l'installation. En cas de raccordement sur un réseau public ou sur un forage en nappe, l'ouvrage est équipé d'un dispositif de disconnexion muni d'un système de non-retour.
Les ouvrages de prélèvements dans les cours d'eau ne gênent pas le libre écoulement des eaux. Lorsqu'ils doivent être construits dans le lit du cours d'eau, ils respectent, sans préjudice de l'autorisation éventuellement requise en application de l'article L. 432-3 du code de l'environnement, les dispositions des articles L. 432-5 et L. 432-6 dudit code et du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux et du schéma d'aménagement et de gestion des eaux lorsqu'il existe.
Lors de la réalisation de forages en nappes, toutes dispositions sont prises pour éviter de mettre en communication des nappes d'eau distinctes, sauf autorisation explicite, et pour prévenir toute introduction de pollution de surface.
En cas de cessation d'utilisation d'un forage, l'exploitant prend les mesures appropriées pour l'obturation et le comblement de cet ouvrage afin d'éviter la pollution des nappes d'eau souterraines.

Les eaux de pluie provenant des toitures et présentant un risque de contact avec des eaux souillées ou des effluents d'élevage doivent être collectées par une gouttière ou par tout dispositif équivalent. Elles sont soit stockées en vue d'une utilisation ultérieure, soit évacuées vers le milieu naturel ou un réseau particulier. Elles ne doivent en aucun cas être mélangées aux effluents d'élevage ni être rejetées sur les aires d'exercice.
Les aliments stockés en dehors des bâtiments (à l'exception du front d'attaque, dans le cas de silos en libre-service) sont couverts en permanence par une bâche maintenue en bon état ou tout autre dispositif équivalent afin de les protéger de la pluie.

Les canalisations qui permettent l'évacuation des effluents vers les ouvrages de stockage ou de traitement doivent être étanches.

Les ouvrages de stockage des effluents visés à l'article 3 doivent être dimensionnés de manière à éviter tout déversement dans le milieu naturel.
En cas d'épandage sur des terres agricoles, la capacité des ouvrages de stockage doit permettre de stocker la totalité des effluents produits pendant quatre mois au minimum. Les durées de stockage sont définies par le préfet et tiennent compte des particularités climatiques. Lorsque la présence des animaux dans les bâtiments est inférieure à quatre mois ou lorsque les effluents sont rejetés dans le milieu naturel après traitement, il en est tenu compte dans le calcul des capacités de stockage des effluents.
Les ouvrages de stockage à l'air libre des effluents liquides sont signalés et entourés d'une clôture de sécurité efficace et dotés, pour les nouveaux ouvrages, de dispositifs de contrôle de l'étanchéité.
Les fumiers compacts pailleux peuvent être stockés ou compostés sur la parcelle d'épandage à l'issue d'un stockage de deux mois sous les animaux ou sur une fumière dans des conditions précisées par le préfet et figurant dans l'arrêté d'autorisation de l'élevage. Le stockage du compost et des fumiers respecte les distances prévues à l'article 4 et ne peut être réalisé sur des sols où l'épandage est interdit. La durée de stockage ne doit pas dépasser dix mois et le retour sur un même emplacement ne peut intervenir avant un délai de trois ans.