Les commissions consultatives paritaires sont présidées par le directeur général, directeur ou chef de service auprès duquel elles sont placées.
En cas d'empêchement, le président désigne, pour le remplacer, un autre représentant de l'administration, membre de la commission consultative paritaire. Il en est fait mention au procès-verbal de la réunion.

Les commissions élaborent leur propre règlement intérieur qui doit être soumis à l'approbation du ou des ministres concernés.
Le secrétariat de la commission est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.

Les commissions consultatives paritaires se réunissent au moins une fois par an, sur convocation de leur président, à son initiative ou, dans le délai maximum de deux mois, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.

Les suppléants de chaque commission peuvent assister aux séances de cette commission sans pouvoir prendre part aux débats. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Le président de chaque commission peut convoquer des experts à la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour.
Les experts ne peuvent assister qu'à la partie des débats, à l'exclusion du vote, relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée.

Chaque commission émet son avis à la majorité des membres présents. S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée.
Lorsque ces commissions consultatives paritaires sont réunies en formation conjointe conformément à l'article 5, le vote s'apprécie sur la formation conjointe et non sur chaque commission la composant.
Lorsque l'autorité compétente prend une décision contrairement à l'avis ou à la proposition émise par la commission, cette autorité doit informer la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre l'avis ou la proposition.

Les séances de la commission consultative paritaire ne sont pas publiques.

Les commissions consultatives paritaires siègent en formation restreinte dans les cas prévus par le décret du 17 janvier 1986 susvisé et lorsque leur cadre d'emploi prévoit une procédure d'avancement, seuls les agents d'un niveau supérieur à ceux ayant vocation à être inscrits à une telle procédure, assistent à la séance lorsque la commission est appelée à délibérer sur ces avancements.
Lorsque qu'elles siègent en formation restreinte, seuls les membres titulaires et, éventuellement, leurs suppléants représentant le niveau dont relève le contractuel intéressé et les membres titulaires ou suppléants représentant le niveau immédiatement supérieur ainsi qu'un nombre égal de représentants de l'administration sont appelés à délibérer.

Lorsque le contractuel dont le cas est soumis à l'examen de la commission appartient au niveau le plus élevé, les représentants de ce niveau siègent avec leurs suppléants qui ont alors voix délibérative.
Si aucun représentant du personnel ne peut valablement siéger, il est fait application de la procédure de tirage au sort prévue à l'article 23. Si cette solution est inapplicable, en raison notamment de la situation des effectifs du niveau intéressé, la commission peut être complétée par l'adjonction des membres désignés dans les mêmes conditions parmi les représentants élus ou, à défaut, les membres d'un niveau comprenant les supérieurs hiérarchiques immédiats des intéressés.

Toutes facilités doivent être données aux commissions consultatives paritaires par les administrations pour leur permettre de remplir leurs attributions. En outre, communication doit leur être donnée de toutes pièces et documents nécessaires à l'accomplissement de leur mission huit jours au moins avant la date de la séance.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel pour leur permettre de participer aux réunions de ces commissions, sur simple présentation de leur convocation. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion, et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressées en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission, sans que ce temps puisse excéder deux journées.
Les membres des commissions consultatives paritaires sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents dont ils ont eu connaissance en cette qualité.

Les commissions consultatives paritaires ne délibèrent valablement qu'à la condition d'observer les règles de constitution et de fonctionnement édictées par le présent arrêté et par le règlement intérieur.
En outre, les trois quarts au moins de leurs membres doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans le délai de huit jours aux membres de la commission qui siège alors valablement si la moitié de ses membres sont présents.
Lorsque les commissions consultatives paritaires sont réunies en formation conjointe conformément au deuxième alinéa de l'article 5, le quorum s'apprécie sur la formation conjointe et non sur chaque commission la composant.

Lorsque la commission est appelée à se prononcer sur une sanction disciplinaire ou un licenciement, elle s'assure que l'agent intéressé a été mis à même de prendre connaissance de son dossier avant la réunion, qu'il a été informé de la possibilité de se faire entendre par la commission, de se faire assister ou représenter par un défenseur de son choix et de demander l'audition de témoins.
Même si l'intéressé n'a pas usé des possibilités qui lui sont offertes ou s'il n'a pas déféré à la convocation qui lui a été adressée de se présenter devant la commission, celle-ci siège valablement.

Lorsque leur cadre d'emploi prévoit une procédure d'avancement, les agents ayant vocation à être inscrits à une telle procédure, n'assistent pas à la séance lorsque la commission est appelée à délibérer sur ces avancements.

Les membres des commissions consultatives paritaires ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans ces commissions. Ils sont toutefois indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret du 3 juillet 2006 susvisé.