L'organisme certificateur candidat à l'accréditation dépose un dossier à l'instance nationale d'accréditation pour le ou les secteurs d'activité tels que décrits à l'article 2. Le référentiel « Organisation générale » est systématiquement inclus dans le champ de l'accréditation de manière transversale.

Après recevabilité de la demande d'accréditation par l'instance nationale d'accréditation conformément au II de l'article R. 254-2 du code rural et de la pêche maritime, les organismes certificateurs qui détiennent déjà une accréditation pour la certification de produits et services sont autorisés à délivrer au maximum vingt certificats non accrédités et les organismes certificateurs qui ne détiennent pas d'accréditation pour la certification de produits et services sont autorisés à délivrer au maximum cinq certificats non accrédités.

Une fois accrédités, les organismes certificateurs adressent au ministre chargé de l'agriculture une demande ainsi que la copie de leur attestation d'accréditation pour figurer sur la liste des organismes certificateurs accrédités pour ce dispositif, diffusée sur le site internet du ministère chargé de l'agriculture.

Les auditeurs des organismes certificateurs doivent disposer cumulativement :
1° D'un diplôme de niveau III ou plus, ou d'une expérience reconnue équivalente ;
2° D'une formation initiale diplômante datant de moins de cinq ans, ou d'une validation des acquis de l'expérience datant de moins de cinq ans, ou, d'une formation de vingt heures en lien avec le domaine des produits phytopharmaceutiques ou de la protection des cultures ;
3° D'une expérience professionnelle d'une année minimum en lien avec le domaine des produits phytopharmaceutiques ou de la protection des cultures ;
4° D'une formation aux techniques d'audit datant de moins de deux ans ou de la réalisation d'au moins cinq audits sur les douze derniers mois dans un schéma de certification de produit ou de service accrédité ;
5° D'une formation aux exigences des référentiels et à la réglementation afférente datant de moins de deux ans.

L'organisme certificateur dispose d'un nombre suffisant d'auditeurs dont les connaissances sont actualisées suivant les évolutions des exigences des référentiels.
L'accréditation peut ne porter que sur certaines des activités relevant d'agrément.

Lors de chaque audit, l'organisme certificateur enregistre et justifie tout constat et précise les documents examinés. En cas de suspension ou de retrait de la certification, l'organisme certificateur transmet à l'autorité administrative sa décision avec un motif explicite précis dans un délai de 15 jours après l'avoir notifié à l'entreprise agréée.
Tout écart critique notifié à une entreprise certifiée est signalé dans les 15 jours suivant cette notification à l'autorité administrative. Celle-ci est également informée dans un même délai de 15 jours de la levée de cet écart critique.
En application de l'article R. 254-7 du code rural et de la pêche maritime, en cas de changement dans l'entreprise de nature à modifier les conditions au vu desquelles la certification a été accordée, l'organisme certificateur, préalablement informé par son client ou lorsqu'il constate de tels changements dans l'exercice de son activité, informe et transmet à la Direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt, la certification mise à jour en précisant la nature de ce changement. Sont notamment signalés les changements de numéro de SIRET, périmètre d'activités et liste des établissements.

Chaque organisme certificateur nomme un référent qui sera l'interlocuteur représentant de l'organisme certificateur auprès des directions régionales de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt ou de la direction de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt et auprès du ministère en charge de l'agriculture. Les coordonnées du référent sont communiquées au ministère chargé de l'agriculture, et mises à jour le cas échéant.
Chaque organisme certificateur transmet à la direction générale de l'alimentation (bureau des intrants et du biocontrôle) avant le 31 janvier de l'année N, un bilan de l'année N-1 comportant a minima les données suivantes :

- nombre de certificats gérés, dont nombre de certificats révisés ;
- nombre de certificats suspendus, retirés ;
- nombre et motifs des écarts majeurs et critiques notifiés.

L'organisme certificateur tient ses clients informés, sur demande, du statut de son accréditation. En cas de suspension de son accréditation, il doit informer les entreprises pour lesquelles sa suspension peut remettre en cause la délivrance de leur prochaine certification, dans un délai maximal de quinze jours suivant la notification de sa suspension.

Lorsque l'accréditation d'un organisme certificateur est suspendue, les certifications émises jusqu'à la date de suspension restent valides. L'organisme certificateur ne peut émettre de nouveaux certificats durant cette période.
Durant la période de suspension, afin que l'organisme certificateur puisse recouvrer son accréditation, un délai de six mois est imparti durant lequel l'organisme certificateur continue son activité pour permettre à l'instance nationale d'accréditation de l'évaluer. L'organisme certificateur ne peut réaliser que des audits de suivi.
Dans un délai maximal d'un an suivant la date de suspension, si la nouvelle évaluation de l'instance nationale d'accréditation ne s'avère pas positive, l'accréditation de l'organisme certificateur est retirée et les certificats sont transférés dans les conditions définies à l'article 26.

En cas de retrait d'accréditation, l'organisme certificateur le notifie au ministre chargé de l'agriculture dans un délai de trente jours.

L'organisme certificateur émet à l'attention de l'entreprise certifiée un certificat mentionnant a minima :
1° Le nom et l'adresse de l'organisme certificateur ;
2° La date de délivrance de la certification ;
3° Le nom, l'adresse et le numéro de SIRET de l'entreprise ;
4° La portée de la certification (liste des sites certifiés par activité et le champ des activités agréées) en veillant à préciser dans l'en tête du certificat :

« - conseil stratégique et/ou spécifique à l'utilisation de produits phytopharmaceutiques » ou « conseil stratégique et/ou spécifique à l'utilisation de produits phytopharmaceutiques - indépendance élargie » pour les entreprises ayant choisi l'activité de « conseil » en respectant les exigences C15 et C16 ;
« - application en prestation de service : traitement de semence en unité industrielle » ou « application en prestation de service : traitement de semence en unité mobile » ou « application en prestation de service : hors traitement de semence » ;
« - distribution de produits phytopharmaceutiques à des utilisateurs non professionnels » ;
« - distribution de produits phytopharmaceutiques à des utilisateurs professionnels » ;

5° La date d'expiration de la certification ;
6° Les références aux textes réglementaires en vigueur au moment de la délivrance de la certification.