Chaque organisme certificateur nomme un référent qui sera l'interlocuteur représentant de l'organisme certificateur auprès des directions régionales de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt ou de la direction de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt et auprès du ministère en charge de l'agriculture. Les coordonnées du référent sont communiquées au ministère chargé de l'agriculture, et mises à jour le cas échéant.
Chaque organisme certificateur transmet à la direction générale de l'alimentation (bureau des intrants et du biocontrôle) avant le 31 janvier de l'année N, un bilan de l'année N-1 comportant a minima les données suivantes :

- nombre de certificats gérés, dont nombre de certificats révisés ;
- nombre de certificats suspendus, retirés ;
- nombre et motifs des écarts majeurs et critiques notifiés.