L'institut est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur. Ce dernier est assisté par deux organismes consultatifs : le conseil de la formation et le conseil intérieur.

Le président du conseil d'administration de l'institut est nommé pour trois ans par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Son mandat est renouvelable.

Outre son président, le conseil d'administration comprend vingt membres ainsi répartis :

1. Six représentants de l'Etat, désignés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture ;

2. Six personnalités qualifiées, nommées pour trois ans, renouvelables, par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, sur proposition du directeur de l'institut ;

3. Cinq représentants des personnels de l'institut, élus pour une durée de trois ans renouvelable ;

4. (Abrogé)

5. Trois représentants des stagiaires, élus, par spécialité, pour une durée d'un an.

Les modalités des élections des représentants des personnels et des stagiaires sont fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.

Le directeur, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable de l'institut assistent aux séances du conseil avec voix consultative.

Le président du conseil d'administration peut également appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.

Les membres du conseil d'administration peuvent, en cas d'absence ou d'empêchement, donner mandat à un membre appartenant à la même catégorie. Un même membre ne peut détenir plus de deux mandats.

Les membres démissionnaires, décédés ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés, nommés ou élus doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui des membres qu'ils remplacent.

Les fonctions de membre du conseil d'administration sont gratuites.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président, qui en fixe l'ordre du jour. Le président le réunit en outre à la demande de la majorité de ses membres.
Ses délibérations ne sont valables que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué, avec le même ordre du jour, dans un délai maximum de deux semaines ; il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage, la voix du président est prépondérante.

Le conseil d'administration fixe les orientations générales des activités et de la gestion de l'établissement et délibère sur :
1° Les mesures générales relatives à l'organisation de l'institut ;
2° Le règlement intérieur de l'institut ;
3° Les objectifs de formation ;
4° Le rapport annuel d'activité de l'institut présenté par le directeur ;
5° Le budget et ses modifications ; le compte financier, l'affectation des résultats ;
6° Les emprunts ;
7° Les acquisitions, aliénations, échanges d'immeubles, les baux et locations les concernant ;
8° L'acceptation des dons et legs ;
9° Les catégories de conventions, contrats et marchés qui, en raison de leur nature ou de leur importance, doivent lui être soumises pour approbation ;
10° Les redevances et rémunérations de toutes natures perçues par l'institut.
Le conseil d'administration se prononce en outre sur les questions qui lui sont soumises par son président ou par le ministre chargé de l'agriculture.
Le conseil d'administration peut créer des commissions consultatives dont il désigne les membres et définit les compétences.

Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires quinze jours après la réception du procès-verbal par le ministre chargé de l'agriculture, à moins que celui-ci n'y fasse opposition. En cas d'urgence, le ministre peut autoriser l'exécution immédiate.

Toutefois, les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Les délibérations portant sur les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles sont exécutoires dans les mêmes conditions.

Le directeur, choisi parmi les fonctionnaires de catégorie A titulaires, est nommé par le ministre chargé de l'agriculture pour une durée de trois ans renouvelable.

Le directeur assure la direction pédagogique, administrative et financière de l'institut. Il le représente en justice et à l'égard des tiers dans tous les actes de la vie civile.
Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution.
Il propose le règlement intérieur au conseil d'administration.
Il est ordonnateur du budget de l'institut.
Il a autorité sur l'ensemble des services de l'institut dont il fixe l'organisation dans le cadre défini par le conseil d'administration ; il gère le personnel et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité ne détient le pouvoir de nomination ; il répartit les services d'enseignement.
Il est responsable du bon ordre et de la sécurité au sein de l'établissement.
Il conclut les contrats, conventions et marchés en se conformant aux dispositions du 9° de l'article 8.
Le directeur peut déléguer sa signature à ses collaborateurs immédiats ; il peut également, avec l'accord du conseil d'administration, déléguer certaines de ses compétences aux responsables des sites de l'établissement autres que celui du siège.

Le personnel de l'institut comprend des fonctionnaires et des agents contractuels affectés à l'établissement.

Les stagiaires et les autres fonctionnaires qui suivent les formations dispensées par l'institut sont passibles des seules sanctions prévues par leur statut. Le directeur peut cependant décider leur suspension pour une durée maximum d'un mois.

L'institut peut être implanté sur plusieurs sites. Un représentant du directeur assure, sous son autorité, le fonctionnement de chaque site et peut recevoir les délégations prévues à l'article 11. A l'initiative de son président, le conseil d'administration peut se réunir sur un site autre que celui du siège.

Le conseil de la formation et le conseil intérieur sont placés sous la présidence du directeur de l'institut. Leur composition est fixée par arrêté du ministre chargé de l'agriculture sur proposition du conseil d'administration.
Le conseil de la formation propose au conseil d'administration les objectifs de formation et valide les résultats obtenus par les stagiaires.
Le conseil intérieur peut être consulté par le directeur, notamment sur le fonctionnement de l'institut, sur ses projets d'aménagement et sur les questions relatives à la gestion des personnels.