Pour tout système mixte nouveau ou substantiellement modifié, les missions d'évaluation de la sécurité sont assurées par un seul organisme qualifié accrédité disposant à la fois de l'accréditation prévue à l'article 45 du décret du 19 octobre 2006 susvisé et de celle prévue à l'article 13 du présent décret. Cet organisme vérifie notamment la cohérence d'ensemble du sous-système de transition du point de vue de la sécurité. A ce titre, il doit disposer d'une accréditation couvrant l'ensemble des domaines techniques relatifs aux systèmes ferroviaires.

Pour le véhicule, l'évaluation est confiée à un seul organisme qualifié accrédité.

A l'issue de sa mission, l'organisme qualifié établit les rapports d'évaluation de la sécurité et, le cas échéant, de l'interopérabilité, conformément à la réglementation applicable pour chaque partie du réseau. Pour ce qui concerne le véhicule et le sous-système de transition, il établit un rapport commun aux deux parties de réseaux.