L'école est dirigée par un président.

Elle est dotée d'un conseil d'administration et d'un conseil scientifique.

L'école comprend des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services, dont l'organisation et le fonctionnement sont prévus par le règlement intérieur.

Le président est nommé pour un mandat d'une durée de cinq ans renouvelable une fois, par décret du Président de la République pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures publié au Journal officiel de la République française.

Le conseil d'administration émet un avis sur le profil du poste.

Le président est choisi, sans condition de nationalité, parmi les personnalités ayant une compétence scientifique dans les domaines d'activité de l'école.

Chaque candidat à la fonction de président présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'établissement.

Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à une commission un avis motivé sur les candidatures qu'il a retenues. Cette commission comprend de huit à douze membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Elle est composée de personnalités scientifiques françaises et étrangères choisies en raison de leur compétence dans les disciplines correspondant aux missions de l'école ainsi qu'un représentant élu des professeurs des universités et personnels assimilés et une personnalité qualifiée membres du conseil d'administration de l'école sur proposition de celui-ci.

Les fonctions de président sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'école, de fonctions électives au conseil d'administration et au conseil scientifique et de fonctions de directeur d'institut, de département, de laboratoire de recherche et de service.

Le président exerce les attributions confiées au président d'université par l'article L. 712-2 du code de l'éducation, à l'exception du 10°, et les textes pris pour son application. Il nomme également les membres des jurys.

Il préside le conseil d'administration. En cas de partage égal des voix, il a voix prépondérante.

Il assiste aux séances du conseil scientifique avec voix consultative.

Il est assisté de vice-présidents qu'il nomme. Il fixe leurs attributions respectives après avis du conseil d'administration. Les fonctions de vice-président sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'école, de fonctions électives.

Il peut déléguer sa signature aux vice-présidents, au directeur général des services, aux autres agents de catégorie A de l'établissement ainsi que, pour les affaires concernant les instituts, les départements, les laboratoires de recherche, les services mentionnés à l'article 4 et les unités de recherche constituées avec d'autres organismes d'enseignement supérieur ou de recherche, à leurs responsables.

Hormis leur président, le conseil d'administration et le conseil scientifique comprennent au maximum vingt-six membres.
Ils sont composés de personnalités qualifiées, françaises et étrangères, désignées par le président de l'école, et d'institutions partenaires choisies par le président de l'école.
Le conseil d'administration comprend en outre pour moitié des représentants élus des personnels, des élèves et des étudiants et le conseil scientifique au minimum un tiers de représentants élus des personnels d'enseignement et de recherche, des ingénieurs de recherche, des élèves et des étudiants.
Le conseil d'administration comprend également au maximum deux représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements sur le territoire desquels est implantée l'école, désignés respectivement par leurs organes délibérants. Ces collectivités sont déterminées par le règlement intérieur.
Le conseil scientifique élit son président parmi les personnalités qualifiées dans les conditions définies par le règlement intérieur pour un mandat de cinq ans renouvelable une fois.

Le conseil d'administration exerce les attributions confiées au conseil d'administration des universités par le IV de l'article L. 712-3 du code de l'éducation, à l'exclusion des 8° et 9°. Il peut déléguer certaines de ses compétences au président dans les conditions fixées par cet article.

Il délibère sur les règles relatives aux examens, sur la création ou la suppression des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services et adopte le règlement intérieur de l'école, dans les conditions définies au premier alinéa de l'article L. 711-7 du code de l'éducation.

Dans le cadre de ses compétences, il peut créer des commissions dont les modalités de désignation des membres et de fonctionnement sont précisées par le règlement intérieur.

Le conseil scientifique assure la liaison entre l'enseignement et la recherche.

Il est consulté sur les orientations des politiques de recherche, de documentation scientifique et technique, ainsi que sur la répartition des crédits de recherche.

Le conseil est en outre consulté sur les demandes d'habilitation et d'accréditation.

Il est également consulté sur les conventions avec les organismes de recherche, le bilan des activités de recherche des laboratoires et des actions de valorisation et de diffusion de la culture et de l'information scientifique et technique.

Il procède à l'évaluation pédagogique et scientifique des activités de l'établissement en s'appuyant sur des évaluations institutionnelles extérieures, françaises et internationales, notamment celle du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.

Dans le respect des dispositions statutaires applicables aux enseignants-chercheurs, le conseil scientifique en formation restreinte aux enseignants-chercheurs donne un avis sur l'examen des questions individuelles relatives au recrutement, l'affectation et la carrière des enseignants-chercheurs, sur l'intégration des fonctionnaires des autres corps dans le corps des enseignants-chercheurs et sur le recrutement ou le renouvellement des attachés temporaires d'enseignement et de recherche.

Le président de chaque conseil peut inviter aux séances, avec voix consultative, toute personne dont la présence est jugée utile sur un point précis de l'ordre du jour.

Le mandat des membres des conseils prend fin lorsqu'ils ont perdu la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.

Tout membre nommé du conseil d'administration ou du conseil scientifique qui n'est pas présent ou représenté lors de trois séances consécutives peut être déclaré démissionnaire à la majorité des autres membres composant le conseil auquel il appartient.

Dans le respect des dispositions législatives et réglementaires en vigueur, le règlement intérieur de l'établissement précise notamment la composition du conseil d'administration et du conseil scientifique, les règles de quorum et les modalités de délibérations de ces conseils, les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour des conseils ainsi que la présidence de ceux-ci en cas d'empêchement de leurs présidents respectifs.

Il définit en outre la liste des personnes qui peuvent assister aux séances des conseils avec voix consultative et les règles de publicité des délibérations.

Il peut prévoir que les membres des conseils participent aux séances par des moyens de visioconférence ou de communication électronique satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité des votes lorsque le scrutin est secret, permettant l'identification des intervenants et assurant la participation effective de ceux-ci à une délibération collégiale. Les membres qui participent par ces moyens aux séances sont réputés présents dans le calcul du quorum et de la majorité requise. .

Les représentants des personnels, des élèves et des étudiants sont élus au scrutin de liste à un tour avec représentation proportionnelle au plus fort reste, listes complètes et sans panachage. Lorsqu'un seul siège est à pourvoir, l'élection a lieu au scrutin uninominal majoritaire à deux tours. L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au candidat le plus jeune. Pour les élèves et les étudiants, chaque candidat se présente avec un suppléant appelé à siéger en cas d'empêchement temporaire ou définitif du titulaire.

Pour les élections au conseil d'administration et au conseil scientifique, les personnels d'enseignement et de recherche sont répartis entre les collèges A et B définis au I de l'article D. 719-4 du code de l'éducation.

Les conditions d'exercice du droit de suffrage, d'éligibilité et de recours contre les élections sont fixées par les articles D. 719-7 à D. 719-40 du code de l'éducation. Au conseil scientifique, au titre du collège des usagers, sont électeurs les élèves et étudiants titulaires de la première année de master ou d'un diplôme équivalent et sont seuls éligibles les élèves et étudiants titulaires de l'agrégation ou d'un diplôme de niveau égal ou supérieur au master.

La durée du mandat des membres des conseils est de cinq ans renouvelable, à l'exception des représentants des élèves et des étudiants dont le mandat est d'un an. Nul ne peut être membre de plus d'un conseil de l'école.

En cas de vacance d'un siège d'un membre élu ou nommé, un nouveau membre est désigné pour la durée du mandat restant à courir. Pour le collège des élèves et des étudiants, il n'est pas procédé à la désignation d'un nouveau membre lorsque la durée du mandat des représentants des élèves et étudiants restant à courir est inférieure à trois mois.

Il n'est procédé à une élection partielle que lorsque le remplacement ne peut avoir lieu conformément aux dispositions de l'article D. 719-21 du code de l'éducation.

S'il a été pourvu par élection partielle à la vacance d'un siège dans l'un des collèges des personnels, l'ensemble des représentants élus des personnels est renouvelé lorsque le mandat de l'un de ces représentants arrive à son terme normal.

Les missions et les compétences des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services, la désignation de leurs responsables ainsi que la durée de leur mandat sont arrêtées par le règlement intérieur de l'établissement et lui sont annexées.
Chaque institut, département, laboratoire de recherche et service dispose d'un budget propre, qui est intégré au budget de l'école dans les conditions définies par l'article L. 719-5 du code de l'éducation et les textes pris pour son application.

L'école peut, avec d'autres établissements publics d'enseignement supérieur, créer un ou plusieurs services communs. Les établissements intéressés règlent par convention l'organisation et les modalités de gestion de ce service. Cette convention mentionne les missions dévolues au service, l'établissement au sein duquel le service établit son siège, appelé établissement de rattachement, ainsi que les droits et obligations des établissements contractants. Elle précise en outre les conditions de nomination du directeur de ce service, la durée de son mandat ainsi que, le cas échéant, la composition, les attributions et les modalités de fonctionnement de l'instance consultative.
Ce service est doté d'un budget annexe au budget de l'établissement de rattachement dans les conditions définies par l'article L. 719-5 du code de l'éducation et les textes pris pour son application.

Le pouvoir disciplinaire à l'égard des enseignants-chercheurs et enseignants est exercé en premier ressort par une section disciplinaire dont les membres sont élus par et parmi les représentants élus des enseignants-chercheurs et des enseignants au conseil d'administration et au conseil scientifique, répartis selon leurs collèges électoraux respectifs.

Pour l'application, à la constitution de cette section disciplinaire, des articles R. 712-13, R. 712-15, R. 712-18, R. 712-20 et R. 712-21 du code de l'éducation les références au conseil académique sont remplacées par les références au conseil d'administration et au conseil scientifique.