Le médecin des armées peut être amené, dans les conditions fixées par le décret du 17 juillet 2006 susvisé, à procéder au contrôle médical d'un militaire placé en congé de maladie pour s'assurer que ce congé est justifié.
Lorsqu'il agit en qualité de médecin contrôleur, il ne doit pas s'immiscer dans le traitement prescrit par le médecin traitant ; s'il se trouve en désaccord avec lui sur le diagnostic, la thérapeutique, le pronostic ou s'il lui apparaît qu'un élément important et utile à la conduite du traitement semble avoir échappé à son confrère, il doit le lui signaler personnellement et s'abstenir dans ses commentaires de tout jugement de valeur.

Le médecin des armées, lorsqu'il est investi d'une mission de contrôle, doit informer le militaire qu'il examine de sa mission et du cadre juridique dans lequel elle s'exerce.
Il doit être très circonspect dans ses propos, s'interdire toute révélation ou commentaire, être parfaitement objectif dans ses conclusions et les fournir à l'autorité qui l'a mandaté sans indiquer les raisons d'ordre médical qui les motivent.