L'institut est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur général, assisté d'un conseil de la formation et d'un conseil de la recherche.

Le conseil d'administration de l'institut comprend vingt-sept membres :
1° Trois représentants du ministre de la défense, membres de droit :
a) Le directeur des ressources humaines de la délégation générale pour l'armement, ou son représentant ;
b) Le directeur des affaires financières du secrétariat général pour l'administration, ou son représentant ;
c) L'inspecteur de l'armement en charge de l'aéronautique et de l'espace.
2° Un directeur de l'administration centrale de la délégation générale pour l'armement nommé par arrêté du ministre de la défense, ou son représentant.
3° Cinq autres représentants de l'Etat nommés par arrêté du ministre de la défense sur proposition du ministre intéressé :
a) Un représentant du ministre chargé de l'industrie ;
b) Un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
c) Un représentant du ministre chargé de l'espace ;
d) Un représentant du ministre chargé de l'aviation civile ;
e) Un représentant du ministre chargé du budget.
4° Le président de l'Office national d'études et de recherches aérospatiales ou son représentant, membre de droit.
5° Cinq personnalités qualifiées nommées, en raison de leurs compétences professionnelles, scientifiques ou académiques correspondant aux activités de l'institut, par arrêté du ministre de la défense.
6° Un représentant du conseil régional de la région du siège de l'établissement désigné par le président du conseil régional.
7° Deux représentants des associations des anciens élèves nommés par arrêté du ministre de la défense sur proposition du président de chaque association.
8° Six représentants du personnel élus au scrutin majoritaire uninominal à deux tours parmi les personnels d'enseignement et de recherche, les personnels techniques d'enseignement et de recherche, les personnels technique et administratif et comprenant quatre représentants du personnel d'enseignement et de recherche et deux représentants du personnel technique et administratif de l'institut.
9° Deux étudiants civils élus.
10° Un élève ingénieur des corps de l'armement désigné par le directeur général de l'institut sur proposition des élèves.
Un arrêté du ministre de la défense précise les modalités des élections prévues aux 8° et 9°.
Le directeur général de l'institut, l'autorité chargée du contrôle financier de l'établissement ou son représentant et l'agent comptable assistent aux séances du conseil avec voix consultative.

Le président du conseil d'administration de l'institut est choisi parmi les personnalités qualifiées membres du conseil. Il est nommé par décret pour une période de trois ans renouvelable deux fois.
L'inspecteur de l'armement mentionné au 1° de l'article 7 est vice-président du conseil d'administration. Il préside les séances du conseil d'administration en l'absence du président.

Le mandat des membres du conseil d'administration, non membres de droit, est de trois ans renouvelable deux fois, sauf pour le représentant du conseil régional, qui est renouvelable sans limitation et qui, lorsqu'il est un élu, voit son mandat prendre fin au terme de son mandat électif.
Le mandat des représentants des étudiants prend fin à l'achèvement de leur scolarité.

Toute vacance par décès, démission ou pour toute autre cause donne lieu à remplacement pour la durée du mandat restant à courir, sauf si cette vacance intervient moins de trois mois avant l'expiration du mandat.

Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de séjours et de déplacement sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable pour les fonctionnaires de l'Etat.

Le conseil d'administration détermine les orientations générales relatives aux formations, à l'activité de recherche, à la politique d'information scientifique et technique et de coopération extérieure de l'institut.
1° Il délibère notamment sur :
a) Le budget de l'institut et ses modifications, ainsi que sur le compte financier ;
b) Les prises de participations, créations de filiales, créations de services d'activités industrielles et commerciales, acceptations de dons et legs, remises de créances ;
c) Les orientations de la politique de l'établissement en matière de propriété industrielle ;
d) La conclusion d'emprunts à moyen et long terme ;
e) La participation à toute forme de groupement public ou privé ;
f) Les baux et locations, acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles ;
g) Les catégories de conventions, contrats et marchés qui lui sont soumis pour approbation ;
h) Les conventions, contrats et marchés relevant de sa compétence ;
i) Les actions en justice ;
j) Les transactions ;
k) Les rapports annuels d'activité des filiales et les comptes prévisionnels de celles-ci ;
l) Les moyens de faciliter l'emploi des élèves après la sortie de l'institut ;
m) Les règles générales de recrutement du personnel sur contrat par l'institut.
2° Il approuve le règlement intérieur et le règlement de scolarité de l'institut, qui sont transmis au ministre de la défense.
Il donne son avis sur toute question qui lui est soumise par son président ou par l'autorité de tutelle. Il adresse chaque année au ministre de la défense un rapport sur l'activité et le fonctionnement de l'institut.
Le conseil d'administration peut déléguer au directeur général, dans les limites qu'il détermine, la possibilité de conclure des emprunts, de procéder à des acquisitions et aliénations de biens immobiliers, d'ester en justice, de conclure des transactions, d'accepter ou de refuser des dons et legs. Le directeur général rend compte, lors de la prochaine réunion du conseil d'administration, des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Le conseil d'administration se réunit sur convocation de son président, aussi souvent que la bonne marche de l'institut l'exige et au minimum deux fois par an. Sa convocation est de droit si le ministre de tutelle ou la moitié au moins de ses membres en fait la demande sur un ordre du jour déterminé.
L'ordre du jour des séances du conseil est établi par le président. Toute question faisant l'objet d'une demande d'au moins un tiers des membres du conseil et entrant dans son domaine d'attributions est inscrite à l'ordre du jour.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres en exercice est présente. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est de nouveau convoqué dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre des membres présents. A l'exception des délibérations en matière budgétaire, qui sont prises dans les conditions fixées par le décret du 14 janvier 1994 susvisé, les délibérations sont prises à la majorité absolue des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le président du conseil d'administration peut inviter à assister à tout ou partie des séances du conseil, avec voix consultative, toute personne dont la présence lui paraît utile.

Le directeur général de l'institut est nommé par décret pour une durée de trois ans renouvelable.
Le directeur général dirige l'institut dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration. Il rend compte chaque année de sa gestion à ce conseil. Il exerce les compétences qui ne sont pas attribuées à une autre autorité par le présent décret.
Il exerce notamment les compétences suivantes :
1° Il représente l'institut en justice et dans les actes de la vie civile ;
2° Il prépare et exécute les décisions du conseil d'administration ;
3° Il prépare et exécute le budget ;
4° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
5° Il conclut les contrats et conventions dans le respect des dispositions de l'article 10 ci-dessus ;
6° Il a autorité sur l'ensemble du personnel et des étudiants de l'institut ;
7° Il est responsable de la discipline générale au sein de l'institut ;
8° Il nomme et affecte à tous les emplois et toutes les fonctions pour lesquels aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination.
En outre, le directeur général ou son représentant préside le conseil de la formation et le conseil de la recherche.

Le directeur général de l'institut est responsable devant le ministre de la défense de l'observation des règlements militaires à l'intérieur de l'établissement ainsi que des dispositions du règlement intérieur de l'ISAE.

Le directeur général de l'institut est assisté par un directeur adjoint, un secrétaire général, des directeurs de formation et un directeur chargé de la recherche.
Le directeur adjoint est nommé par arrêté du ministre de la défense sur proposition du directeur général de l'institut. Les directeurs de formation et le directeur chargé de la recherche sont nommés par le directeur général de l'institut, après avis du conseil d'administration.
Le directeur adjoint est le suppléant du directeur général. Le directeur général peut déléguer sa signature au directeur adjoint et au secrétaire général dans la limite de leurs attributions.

Le conseil de la formation de l'institut, présidé par le directeur général, comprend :
1° Des membres de la direction de l'institut ;
2° Des personnalités extérieures ;
3° Des représentants élus des enseignants de l'institut ;
4° Des représentants élus des étudiants civils ;
5° Des représentants des élèves ingénieurs des corps de l'armement.
Le nombre de membres issus de chaque catégorie, les modalités de leur désignation ou élection et celles du fonctionnement de ce conseil sont fixées par délibération du conseil d'administration.

Le conseil de la formation est consulté sur les questions relatives à la formation, et notamment sur les programmes et volumes d'enseignement, les méthodes pédagogiques, le contrôle des connaissances, la sanction des études, ainsi que sur les liaisons entre l'enseignement et la recherche.
Il est consulté sur toute nomination de personnel enseignant à titre d'occupation principale et sur la gestion générale du personnel enseignant à titre d'occupation accessoire.
Il est consulté sur les questions relatives aux coopérations d'enseignement avec des organismes étrangers.
Il donne un avis sur la création de nouveaux diplômes.
Il donne un avis sur le règlement de scolarité de l'institut, qui devient exécutoire après approbation par le conseil d'administration.
Il donne son avis sur toute question qui lui est soumise par le directeur général de l'institut.

Le conseil de la recherche de l'institut, présidé par le directeur général, comprend :
1° Des membres de la direction de l'institut ;
2° Des personnalités extérieures ;
3° Des représentants élus du personnel de recherche de l'institut ;
4° Des représentants élus des étudiants de troisième cycle ;
5° Des représentants des ingénieurs des corps de l'armement, étudiants de troisième cycle.
Le nombre de membres issus de chaque catégorie, les modalités de leur désignation ou élection et celles du fonctionnement de ce conseil sont fixées par délibération du conseil d'administration.

Le conseil de la recherche est consulté sur :
1° Les orientations générales de la recherche ;
2° Les moyens à affecter à la recherche ;
3° La création ou la suppression de structures de recherche ;
4° Les relations à établir avec les milieux scientifiques nationaux, étrangers ou internationaux ;
5° Les demandes d'habilitation à délivrer les diplômes nationaux de troisième cycle.
Il examine le bilan annuel des activités des structures de recherche et des actions de valorisation et de diffusion de la culture scientifique et technique.
Il donne son avis sur toute question qui lui est soumise par le directeur général de l'institut.