Le directeur général de l'institut est assisté par un directeur adjoint, un secrétaire général, des directeurs de formation et un directeur chargé de la recherche.
Le directeur adjoint est nommé par arrêté du ministre de la défense sur proposition du directeur général de l'institut. Les directeurs de formation et le directeur chargé de la recherche sont nommés par le directeur général de l'institut, après avis du conseil d'administration.
Le directeur adjoint est le suppléant du directeur général. Le directeur général peut déléguer sa signature au directeur adjoint et au secrétaire général dans la limite de leurs attributions.