L'établissement est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 susvisé, ainsi qu'au contrôle financier prévu par le décret du 4 juillet 2005 susvisé.
Les attributions du membre du corps du contrôle général économique et financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont fixées, en tant que de besoin, par arrêté conjoint du ministre chargé des sports et du ministre chargé du budget.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé des sports et du ministre chargé du budget.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées par décision du directeur général, avec l'accord de l'agent comptable et du membre du corps du contrôle général économique et financier.

L'établissement est autorisé à placer ses fonds disponibles dans les conditions fixées par le ministre chargé de l'économie et des finances.

Les recettes de l'établissement comprennent :
1° Les subventions de l'Etat, des collectivités territoriales et de toutes autres personnes publiques et privées ;
2° Le produit des droits d'entrée au musée, des visites et ateliers accompagnés, des services d'initiation aux sports ;
3° Les recettes des événements et manifestations culturels, éducatifs ou sportifs organisés par l'établissement ;
4° Les recettes provenant des activités pédagogiques, des formations et des éditions ;
5° Le produit des opérations commerciales de l'établissement, dont l'exploitation des commerces associés et des services ;
6° Le produit de la concession à des tiers d'activités liées au fonctionnement de l'établissement ;
7° Les dons, les legs et versements faits à titre de souscriptions individuelles et collectives ;
8° Le revenu des biens, fonds et valeurs de son patrimoine, ainsi que le produit de leur aliénation ;
9° Les emprunts ;
10° De façon générale, toutes les ressources provenant de l'exercice de ses activités dont il pourrait légalement disposer et les recettes autorisées par les lois et règlements en vigueur.

Les dépenses de l'établissement comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement, de restauration, d'équipement et d'entretien ;
3° Les frais d'acquisition des biens mobiliers et immobiliers ;
4° De façon générale, toutes dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.