Le ministre chargé des transports peut accorder des dérogations aux spécifications techniques d'interopérabilité, y compris celles relatives au matériel roulant, lorsqu'un projet de ligne nouvelle, de renouvellement ou de réaménagement d'une ligne existante ou tout élément visé à l'article 1er se trouve à un stade avancé de développement ou fait l'objet d'un contrat en cours d'exécution à la date de la publication de ces spécifications au Journal officiel de l'Union européenne.
Il en est de même lorsqu'à la suite d'un accident ou d'une catastrophe naturelle, les conditions de rétablissement rapide du réseau ne permettent pas économiquement ou techniquement l'application partielle ou totale des spécifications techniques d'interopérabilité correspondantes.
La demande de dérogation est adressée au ministre chargé des transports et à l'EPSF qui fait connaître son avis au ministre. Elle comprend la description de l'état d'avancement du projet et les spécifications retenues ainsi que les spécifications techniques d'interopérabilité auxquelles le demandeur souhaite déroger. Le dossier comporte l'avis de RFF lorsque la demande concerne un matériel roulant destiné au réseau ferré national.
Lorsque le ministre chargé des transports envisage de faire droit à la demande de dérogation, la Commission européenne en est préalablement informée et le dossier lui est communiqué.
Le silence gardé par le ministre pendant plus de six mois vaut décision de rejet. Ce délai ne court qu'à compter du moment où le dossier est complet.

Il peut être dérogé aux spécifications techniques d'interopérabilité, y compris celles relatives au matériel roulant, en cas de renouvellement, de réaménagement ou d'extension d'une ligne existante, lorsque leur application risque de compromettre la viabilité économique du projet.
Cette dérogation peut également être accordée lorsque le gabarit, l'écartement ou l'entraxe des voies, ou la tension électrique prévus par les spécifications techniques d'interopérabilité sont incompatibles avec les caractéristiques techniques de la ligne existante.
La demande de dérogation est adressée, lors de la phase initiale de définition du projet, au ministre chargé des transports et à l'EPSF qui fait connaître son avis au ministre dans un délai de deux mois. Elle présente les spécifications retenues ainsi que les spécifications techniques d'interopérabilité auxquelles le demandeur souhaite déroger. Le dossier comporte l'avis de RFF lorsque la demande concerne un matériel roulant destiné au réseau ferré national.
S'il est favorable à l'octroi de la dérogation, le ministre chargé des transports transmet la demande dans un délai de trois mois à la Commission européenne. Il informe le demandeur de cette transmission ainsi que des suites que lui a données la Commission. Une demande non transmise dans ce délai est réputée rejetée. Le dossier préliminaire de sécurité prévu à l'article 47 prend en compte les spécifications retenues ainsi que les spécifications techniques auxquelles il est dérogé.

Le ministre chargé des transports établit par arrêté les catégories de projets de renouvellement et de réaménagement dont la nature ou l'importance justifie que le demandeur lui adresse, ainsi qu'à l'EPSF, préalablement aux travaux, un dossier décrivant le projet et la mise en oeuvre des spécifications techniques d'interopérabilité dont l'application est envisagée. Le dossier comporte l'avis de RFF lorsque la demande concerne un matériel roulant destiné au réseau ferré national.
Sur la base de ce dossier, le ministre peut, après avis de l'EPSF, décider quelles spécifications techniques d'interopérabilité ou parties de spécifications techniques d'interopérabilité devront être appliquées au projet si celui-ci n'appartient pas au système ferroviaire transeuropéen à grande vitesse. La décision est communiquée à la Commission européenne et aux autres Etats membres.
L'autorisation de mise en exploitation commerciale prévue par le titre V du présent décret est délivrée selon la procédure prévue à ce titre en cas de modification substantielle d'un système ou sous-système existant. Le dossier préliminaire de sécurité prévu à l'article 47 prend en compte les spécifications retenues ainsi que celles auxquelles il est dérogé.

S'il est constaté qu'un constituant d'interopérabilité muni de la déclaration « CE » de conformité ou d'aptitude à l'emploi, utilisé sur un réseau ferroviaire conformément à sa destination, risque de compromettre la satisfaction des exigences essentielles, l'EPSF prend, après avis de RFF s'il s'agit du réseau ferré national, les mesures utiles pour restreindre son domaine d'application ou pour en interdire l'emploi sur les lignes concernées.
La Commission européenne et les autres Etats membres sont informés des mesures prises et de leurs motifs. Cette information fait notamment apparaître si le non-respect des exigences essentielles résulte de la mauvaise application des spécifications européennes ou de l'insuffisance de ces spécifications.

S'il est constaté qu'un sous-système de nature structurelle muni de la déclaration « CE » de vérification ne respecte pas entièrement les dispositions du présent décret, notamment les exigences essentielles, l'EPSF peut demander que des vérifications complémentaires soient réalisées.
La Commission européenne est informée des vérifications complémentaires demandées et des raisons qui les justifient.