L'université Paris-Dauphine est dirigée par un président et administrée par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique et d'un conseil des études et de la vie universitaire.
Elle est composée de départements, d'instituts et de services communs, dont la liste est fixée dans les conditions définies au premier alinéa de l'article L. 711-7 du code de l'éducation.

Le président de l'université Paris-Dauphine est élu par l'ensemble des membres des trois conseils réunis en assemblée, à la majorité des membres en exercice de celle-ci dans les conditions définies à l'article L. 712-2 du code de l'éducation et du décret pris pour son application. Il est choisi parmi les enseignants-chercheurs en exercice. Le mandat du président est soumis aux dispositions de l'article L. 712-2 du code de l'éducation.
Il est assisté d'un bureau élu sur sa proposition composé notamment des vice-présidents des trois conseils et d'un secrétaire général nommé dans les conditions prévues à l'article L. 953-2 du code de l'éducation.

Le président de l'université Paris-Dauphine exerce les attributions confiées au président d'université par l'article L. 712-2 du code de l'éducation et les décrets pris pour son application.
Il peut déléguer sa signature aux vice-présidents des trois conseils, au secrétaire général et, pour les affaires concernant les départements, les instituts et les services communs mentionnés à l'article 4, à leur directeur respectif.

Outre le président de l'université Paris-Dauphine, le conseil d'administration comprend :
1° Sept personnalités extérieures :
a) Un représentant de la région d'Ile-de-France ;
b) Un représentant de la ville de Paris ;
c) Quatre représentants des organisations syndicales représentatives à l'échelon national d'employeurs et de salariés définies dans le règlement intérieur de l'établissement ;
d) Un représentant de l'association des anciens élèves ;
2° Cinq personnalités n'appartenant pas à l'université Paris-Dauphine désignées par le conseil en raison de leur compétence ;
3° Treize représentants élus des professeurs des universités et personnels assimilés dans les conditions prévues à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
4° Treize représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
5° Sept représentants élus des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé ;
6° Quinze représentants élus des étudiants.
Sont considérés notamment comme entrant dans le champ des prévisions du d du 1° les anciens élèves de l'université Paris-IX.

Le conseil d'administration exerce, en ce qui concerne l'université Paris-Dauphine, les attributions confiées au conseil d'administration des universités par l'article L. 712-3 du code de l'éducation.
En outre, il délibère sur la création ou la suppression des instituts, des départements et des services communs et notamment d'un service d'activités industrielles et commerciales pour la gestion des activités mentionnées aux articles L. 123-5 et L. 711-1 du code de l'éducation.
Il adopte le règlement intérieur de l'université Paris-Dauphine.

Outre le président de l'université Paris-Dauphine, le conseil scientifique comprend :
1° Deux personnalités extérieures :
a) Un représentant de la région d'Ile-de-France ;
b) Un représentant du Centre national de la recherche scientifique ;
2° Une personnalité, enseignant-chercheur ou chercheur, appartenant à un autre établissement et désignée par le conseil en raison de sa compétence ;
3° Douze représentants élus des professeurs des universités et personnels assimilés dans les conditions prévues à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
4° Quatre représentants élus des personnes habilitées à diriger des recherches n'ayant pas le rang de professeur des universités et personnels assimilés dans les conditions prévues par ledit article 6 ;
5° Quatre représentants élus des personnels pourvus d'un doctorat non habilités à diriger des recherches ;
6° Un représentant élu des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
7° Deux représentants élus des ingénieurs et techniciens n'appartenant pas aux collèges précédents ;
8° Un représentant élu des autres personnels ;
9° Trois représentants élus des étudiants suivant une formation de troisième cycle.

Le conseil scientifique exerce, en ce qui concerne l'université Paris-Dauphine, les attributions confiées au conseil scientifique des universités par l'article L. 712-5 du code de l'éducation. En outre, il est consulté sur la création et la suppression des instituts et des départements et des services communs à caractère scientifique.

Outre le président de l'université Paris-Dauphine, le conseil des études et de la vie universitaire comprend :
1° Deux personnalités extérieures :
a) Un représentant de la ville de Paris ;
b) Un représentant des activités économiques dans les conditions définies par le règlement intérieur de l'établissement ;
2° Une personnalité n'appartenant pas à l'université Paris-Dauphine désignée par le conseil en raison de sa compétence ;
3° Six représentants élus des professeurs des universités et personnels assimilés dans les conditions prévues à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
4° Six représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
5° Trois représentants élus des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé ;
6° Douze représentants élus des étudiants.

Le conseil des études et de la vie universitaire exerce, en ce qui concerne l'université Paris-Dauphine, les attributions confiées au conseil des études et de la vie universitaire des universités par l'article L. 712-6 du code de l'éducation.

Les départements de l'université Paris-Dauphine sont des départements de formation, des départements de recherche ou des départements de formation et de recherche.

Les instituts sont créés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du conseil d'administration après avis du conseil scientifique.

Les services communs de l'université Paris-Dauphine assurent les activités confiées aux services communs des universités par l'article L. 714-1 du code de l'éducation.

Les départements et instituts sont dirigés par un directeur élu par le conseil du département ou de l'institut, pour une durée de cinq ans.
Les services communs sont dirigés par un directeur nommé, pour une durée de cinq ans, par le président de l'université Paris-Dauphine à l'exception du directeur du service commun de la documentation qui est nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur après avis du président de l'université Paris-Dauphine. Ces directeurs peuvent être assistés d'un conseil.
La composition de ces conseils, les modalités de désignation de leurs membres, leurs modalités de fonctionnement et leurs compétences sont définies par le règlement intérieur de l'établissement.