Le directeur a la responsabilité générale du fonctionnement de l'établissement ou du service.
Il doit être apte physiquement, moralement et professionnellement à assurer la garde et l'éducation d'enfants et d'adolescents ainsi que le bon fonctionnement d'un établissement.
Il doit en outre apporter la preuve, d'une part, de sa connaissance particulière des déficiences dont les jeunes reçus dans l'établissement sont atteints, et, d'autre part, soit de l'exercice pendant cinq années au moins d'une activité professionnelle dans un établissement ou service de jeunes handicapés, soit de l'exercice pendant deux ans au moins des fonctions de directeur d'un établissement scolaire comportant une ou plusieurs classes ou sections d'éducation spéciale publiques ou privées sous contrat.
Il doit enfin posséder la qualification qui est requise par les textes en vigueur pour diriger un établissement donnant un enseignement de même nature et de même degré que l'établissement qu'il est appelé à diriger ou la qualité de docteur en médecine ou bien être titulaire d'un diplôme ou certificat de capacité qualifiant pour l'exercice des professions d'éducateur spécialisé, d'éducateur technique spécialisé, de jardinière d'enfants spécialisée ou d'éducateur de jeunes enfants, d'assistant de service social, de conseiller en économie familiale et sociale, d'ergothérapeute, d'infirmier, de kinésithérapeute, d'orthoptiste, d'orthophoniste, de puéricultrice, de psycho-rééducateur, de psychologue scolaire ou de psychologue muni d'un des titres exigibles pour leur recrutement dans les établissements publics de santé.
Lorsque le directeur ne possède pas les titres de capacité exigés par les textes en vigueur en matière d'enseignement, la responsabilité pédagogique des classes fonctionnant à l'intérieur de l'établissement est confiée à un enseignant justifiant de la possession de ces titres.

L'établissement s'assure les services d'une équipe médicale et paramédicale, comprenant notamment :
1° Un psychiatre possédant une formation dans le domaine de l'enfance et de l'adolescence ;
2° Un pédiatre, ou, selon l'âge des personnes accueillies et en fonction des besoins de l'établissement, un médecin généraliste ;
3° Un psychologue ;
4° Un infirmier ou une infirmière ;
5° Selon les besoins des enfants, notamment des kinésithérapeutes, orthophonistes, psychomotriciens ;
6° En fonction des besoins, un médecin ayant une compétence particulière en neurologie, en ophtalmologie, en audiophonologie ou en rééducation et réadaptation fonctionnelle.

Sous la responsabilité de l'un des médecins mentionnés aux 1° et 2° de l'article D. 312-21, l'équipe médicale et paramédicale :
1° Veille à la mise en oeuvre et à l'adaptation du projet thérapeutique et de rééducation des enfants ou adolescents ;
2° Assure la surveillance de la santé des enfants ou adolescents en coordination avec leur médecin de famille ;
3° Assure, en coordination avec le directeur ainsi qu'avec le médecin du travail, la surveillance générale de l'établissement en ce qui concerne l'hygiène de vie des enfants ou adolescents, leur alimentation et l'hygiène des locaux.

Des accords sont passés avec un oto-rhino-laryngologiste et un dentiste ou un stomatologiste afin qu'ils puissent prodiguer leurs soins aux enfants accueillis dans l'établissement.

Tout établissement comporte un service social confié à un assistant de service social, exerçant soit à temps partiel, soit à temps complet, si l'établissement compte au moins cent places.

L'établissement s'assure le concours d'une équipe pédagogique et éducative comprenant, selon l'âge et les besoins des enfants :
1° Des enseignants assurant la formation scolaire et professionnelle des enfants ou adolescents par des actions pédagogiques adaptées et dont la rémunération est prise en charge par l'Etat en application de l'article L. 351-1 du code de l'éducation ;
2° Des éducateurs assurant des actions orientées vers le développement de la personnalité et la socialisation des enfants et adolescents.
Les enseignants mentionnés au deuxième alinéa sont recrutés dans les catégories suivantes :
1° Instituteurs spécialisés ou professeurs des écoles spécialisés, titulaires du certificat d'aptitude professionnelle pour les aides spécialisées, les enseignements adaptés et la scolarisation des élèves en situation de handicap ;
2° Professeurs d'enseignement général et de première formation professionnelle ;
3° Professeurs d'enseignement technique ou professionnel, lorsqu'existe une section de formation professionnelle.
En outre, il est fait appel à des professeurs d'éducation physique et sportive.
La section de formation professionnelle peut en outre faire appel à des éducateurs techniques spécialisés. Elle peut également solliciter le concours d'artisans locaux ou d'ouvriers qualifiés présentant les qualités indispensables pour ces fonctions.
Les éducateurs mentionnés au troisième alinéa sont recrutés, à raison de un pour quinze enfants, dans les catégories suivantes :
1° Éducateurs spécialisés ;
2° Éducateurs de jeunes enfants ;
3° Moniteurs-éducateurs.
Le nombre d'éducateurs est fixé de sorte à pouvoir assurer les remplacements liés aux congés.
Cette équipe peut être complétée, selon les besoins, par le recours à des aides médico-psychologiques.

Chacun des membres des équipes médicale, pédagogique et éducative possède les diplômes d'Etat ou les équivalences reconnues nécessaires à l'exercice de ses compétences.