Le centre est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur assisté d'un conseil de l'enseignement.

Le conseil d'administration comprend vingt membres :
a) Sept membres de droit :

• quatre représentants de l'Etat désignés par le ministre de l'agriculture ;
• trois représentants des collectivités territoriales sur le territoire desquelles est situé l'établissement, désignés respectivement par le conseil régional, le conseil général et le conseil municipal de la commune d'implantation, ou l'assemblée délibérante de l'établissement public de coopération intercommunale compétent ;

b) Six personnalités, désignées par le ministre de l'agriculture, représentatives des professions et activités éducatives, économiques et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement ;
c) Sept membres élus :

• deux représentants des professeurs et personnels de niveau équivalent ;
• deux représentants des maîtres de conférences et des autres enseignants ;
• un représentant des élèves ;
• deux représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service et des personnels exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité mixte de recherche à laquelle l'établissement participe.

Les membres du conseil d'administration sont nommés ou élus pour une durée de trois ans, à l'exception des représentants des élèves qui sont élus pour un an. Leur mandat est renouvelable.
Un arrêté du ministre de l'agriculture fixe les conditions dans lesquelles sont élus les membres énumérés au c.
Les membres du conseil d'administration décédés ou démissionnaires et ceux qui, en cours de mandat, n'occupent plus les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés doivent être remplacés. Les nouveaux membres sont désignés pour la durée du mandat restant à courir des membres qu'ils remplacent.

Le président du conseil d'administration est choisi parmi les membres du conseil. Il est nommé par arrêté du ministre de l'agriculture après avis du conseil d'administration.

Le conseil d'administration se réunit aussi souvent qu'il est nécessaire et au moins deux fois par an, sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour.
Le conseil d'administration est également convoqué si le ministre de l'agriculture ou les deux tiers des membres du conseil le demandent.
Le conseil d'administration ne délibère valablement que si la majorité de ses membres en exercice est présente. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est de nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximum de quinze jours.
Les délibérations du conseil sont prises à la majorité absolue des votants ; en cas de partage, la voix du président est prépondérante.
Le lieu, la date et l'heure ainsi que l'ordre du jour des séances sont portés, au moins huit jours à l'avance, à la connaissance des membres du conseil d'administration ainsi que du contrôleur financier.
Le directeur et le contrôleur financier assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
L'agent comptable y assiste dans les conditions fixées au IV de l'article R. 811-103.
Le président peut également appeler à participer aux séances avec voix consultative toute personne dont il jugera la présence utile.

Le conseil d'administration connaît des conditions générales de fonctionnement technique, pédagogique, administratif et financier du centre et à ce titre :
a) Vote le budget et, d'une façon générale, exerce en matière administrative et financière les attributions prévues aux articles R. 811-94 à R. 811-113 ;
b) Propose les mesures d'organisation générale de l'enseignement et les programmes de formation ;
c) Etablit le règlement intérieur du centre ;
d) Approuve les projets de conventions mentionnés à l'article R. 812-45 ci-dessus.
Le conseil d'administration peut, en outre, être consulté sur toutes questions de la compétence du centre par son président ou par le ministre de l'agriculture.

Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires dans les conditions prévues au II de l'article R. 811-95.

Le directeur du centre est nommé par arrêté du ministre de l'agriculture ; il représente le centre dans les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers. Il représente le centre en justice.
Il assume la responsabilité du fonctionnement technique, pédagogique, administratif et financier du centre.
Sous l'autorité du président, il prépare les délibérations du conseil d'administration et assure l'exécution de ses décisions.
Il peut être autorisé par le conseil d'administration, et dans les limites fixées par celui-ci, à arrêter les conditions d'application des orientations générales approuvées par le conseil et à passer, sans approbation préalable, des conventions, des contrats ou des marchés.
Il est responsable de la préparation du budget annuel, des décisions modificatives et du compte de résultats de l'exercice écoulé.
Il est ordonnateur principal des dépenses et recettes du centre.
Il peut, sous sa responsabilité, donner délégation de signature à des agents du centre dans les limites qu'il détermine.

Le directeur a autorité sur l'ensemble des services et des personnels du centre qui comprennent :
a) Des agents permanents : fonctionnaires placés en position de détachement ou mis à la disposition du centre, agents contractuels occupant des emplois administratifs ou techniques ;
b) Des collaborateurs d'enseignement rémunérés à la vacation.
Le directeur arrête la liste des collaborateurs d'enseignement et les modalités de leur participation aux activités du centre après avis du conseil d'administration et du conseil de l'enseignement.

Le conseil de l'enseignement assiste le directeur du centre qui le préside, le convoque et fixe son ordre du jour.
Il est composé de trente membres au maximum désignés par le conseil d'administration, pour un tiers au moins parmi le personnel enseignant des organismes associés au centre par convention et, pour le reste, parmi le personnel permanent et les collaborateurs d'enseignement du centre et des personnalités qualifiées en agronomie des régions chaudes.
Il peut créer des commissions spécialisées avec la participation de personnalités extérieures au centre.

Le conseil de l'enseignement donne son avis sur le programme d'enseignement et de formation, sur les conditions d'accès aux divers niveaux d'études et de formation, sur la sanction des études ainsi que sur la constitution d'unités de valeurs.
Il peut être consulté sur toute question relative aux formations dispensées dans le domaine de l'agronomie et du développement agricole et rural des régions chaudes en liaison avec les organismes d'enseignement ou de recherche qui ont le même objet.