Le conseil de l'enseignement assiste le directeur du centre qui le préside, le convoque et fixe son ordre du jour.

Il est composé de trente membres au maximum désignés par le conseil d'administration, pour un tiers au moins parmi le personnel enseignant des organismes associés au centre par convention et, pour le reste, parmi le personnel permanent et les collaborateurs d'enseignement du centre et des personnalités qualifiées en agronomie des régions chaudes.

Il peut créer des commissions spécialisées avec la participation de personnalités extérieures au centre.