L'établissement de l'élevage est agréé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture après avis du Conseil national d'orientation de la politique sanitaire animale et végétale (section animale). Le cahier des charges annexé à l'arrêté d'agrément fixe les limites de la circonscription de l'établissement et précise les modalités d'exercice de ses missions.

L'agrément peut être suspendu ou retiré lorsque l'établissement agréé ne satisfait pas aux conditions d'exercice de ses missions fixées par les dispositions législatives ou réglementaires du chapitre II du titre Ier du livre II ou du chapitre III du titre V du livre VI ou par son cahier des charges ou, lorsque son fonctionnement s'avère défectueux à la suite de contrôles administratifs. Le Conseil national d'orientation de la politique sanitaire animale et végétale doit être consulté quand les défaillances constatées concernent les activités énumérées à l'article L. 212-7.

Les décisions de suspension ou de retrait d'agrément ne peuvent intervenir qu'après que l'établissement intéressé a été informé des motifs et de la nature des mesures envisagées et à l'expiration d'un délai qui ne peut être inférieur à un mois.

Dans les zones non encore pourvues d'un établissement de l'élevage agréé ou en cas de suspension ou de retrait d'agrément, les opérations mentionnées aux articles L. 212-7 et D. 653-51 peuvent être confiées à un autre organisme, si nécessaire à titre temporaire, après avis, sauf urgence, du Conseil national d'orientation de la politique sanitaire animale et végétale (section animale).

Le préfet du département dans lequel est situé le siège de l'établissement de l'élevage ou son représentant participe de droit aux réunions du comité d'orientation de l'élevage. Il est assisté par le directeur départemental des territoires ou, le cas échéant, des territoires et de la mer du département dans lequel est situé le siège de l'établissement de l'élevage. Pour l'exercice de la tutelle qu'il exerce sur l'établissement au titre des missions relatives à l'identification et à l'enregistrement et à la certification de la parenté des animaux d'élevage, le préfet peut prendre connaissance de l'ensemble des dossiers et documents détenus par l'établissement relatifs à ces missions.

Lorsque l'établissement de l'élevage est agréé pour une ou plusieurs régions, le préfet de la région dans laquelle est situé le siège de l'établissement de l'élevage ou son représentant participe de droit aux réunions du comité d'orientation.

Les opérations financières relatives aux missions confiées à l'établissement de l'élevage en application du livre II et du présent livre font l'objet d'une comptabilité analytique.

Les établissements de l'élevage peuvent confier l'exécution de certaines de leurs missions à un autre organisme.

Plusieurs établissements de l'élevage peuvent charger l'un d'entre eux, ou un organisme tiers, d'exécuter certaines des tâches définies aux articles D. 653-51 et L. 212-7 dans l'ensemble de leurs circonscriptions.

Dans tous les cas, des conventions passées entre les organismes gestionnaires des établissements de l'élevage et les organismes délégataires, soumises à l'approbation de l'autorité administrative compétente définie à l'article R. 653-43, définissent les obligations des organismes délégataires.