Lorsque le quota de captures ou d'effort de pêche européen est diminué à la suite de l'application, par la Commission européenne, de pénalités pour dépassement l'année précédente, les sous-quotas des organisations de producteurs sont diminués en appliquant à chacun le barème des pénalités prévu par la réglementation européenne. Les pénalités appliquées n'affectent pas les antériorités définies à l'article R. 921-38.

Lorsqu'un dépassement de sous-quota est constaté sans dépassement du quota, ce sous-quota est diminué l'année suivante en fonction du dépassement constaté.

Les sous-quotas non affectés du fait des pénalités sont placés en réserve. Ils peuvent, à tout moment après information du groupe de suivi mentionné à l'article D. 921-33-1 être répartis en fonction de la part relative de chaque organisation de producteurs, à l'exception de celles ayant dépassé leur sous-quota.

Le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine peut utiliser les sous-consommations annuelles des organisations de producteurs afin de réduire les dépassements individuels des organisations de producteurs.

Les organisations de producteurs ayant subi un préjudice à cause de la fermeture anticipée de la pêche du fait d'un dépassement de quota par une autre organisation de producteurs peuvent demander au ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, qui statue dans un délai de deux mois, une compensation de ce préjudice par prélèvement sur les autres quotas de l'organisation de producteurs responsable de la fermeture.
Le dépassement d'un sous-quota, par une organisation de producteurs, ayant entraîné la fermeture de la pêche pour cause d'épuisement ou de dépassement du quota national, entraîne alors les années suivantes une majoration des sous-quotas des autres organisations de producteurs, correspondant au préjudice qu'elles ont subi du fait de la fermeture de la pêche. Cette majoration est compensée par la réduction des sous-quotas susceptibles d'être attribués aux responsables de la fermeture, à hauteur du dépassement de leur sous-quota.
Cette compensation intervient sans préjudice des prélèvements et des pénalités éventuellement infligées en application des dispositions des articles 37,105 et 106 du règlement (CE) n° 1224/2009 du Conseil du 20 novembre 2009 instituant un régime communautaire de contrôle afin d'assurer le respect des règles de la politique commune de la pêche.
Lorsqu'une organisation de producteurs a dépassé le sous-quota qui lui était attribué ou lorsqu'une organisation de producteurs a dépassé le sous-quota qui lui était attribué ou n'aura pas respecté les dispositions de l'article R. 921-61, le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine peut ne pas lui attribuer de sous-quotas de capture spécifiques au titre de l'année suivante.

Pour les demandes mentionnées au titre du premier alinéa de l'article R. 921-64, le silence gardé par l'autorité administrative pendant le délai mentionné à cet alinéa vaut décision de rejet.