L'établissement est sous la tutelle du ministre chargé des forêts.
Les activités du Centre national de la propriété forestière s'inscrivent dans un contrat de performance passé entre l'Etat et l'établissement public. Ce contrat précise les orientations de gestion et les programmes d'actions du Centre national de la propriété forestière. Il détermine les objectifs liés à l'exercice de ses missions et évalue les moyens nécessaires à leur mise en œuvre.

Sauf décision contraire du ministre chargé des forêts, prise sur proposition du conseil d'administration, le siège du centre est fixé à Paris.

Le Centre national de la propriété forestière peut faire partie de coopératives forestières, sociétés, associations, comités ou groupements ayant un objet entrant dans son champ de compétences, ou y être représenté, sous réserve du droit du commissaire du Gouvernement de s'y opposer dans le délai prévu à l'article R. 221-79.

La circonscription de chaque centre régional est fixée conformément aux dispositions de l'article L. 221-10 et figure au tableau I annexé à la partie réglementaire du présent code. Le conseil d'administration donne son avis au ministre chargé des forêts, après avoir consulté les conseils des centres concernés.